太阳系内战
对历史一知半解的人，可能会认为在荷鲁斯的庞大舰队到达太阳系边缘，展开这场战争最后和最具决定性的攻击之前，人类的家园太阳系是安全的，且远离冲突。罗格·多恩那以泰拉作为核心构建的坚不可摧的神圣要塞体系，给人留下深刻的印象。但事实上，太阳系在一开始就比许多帝国行政区更容易爆发内战。
火星和泰拉之间悠久的怀疑是太阳系冲突的根源。正如本书的其他部分所述，那颗红色的星球上，大批技术神甫堕落后转向了荷鲁斯一方。早在荷鲁斯攻击伊斯特凡之前，他就已经一直在煽动这些人，最终火星落入了叛徒手中，虽然火星被封锁了，它一直是一把悬在帝国心脏上的尖刀。
随着强大的战舰“狂怒深渊号”被夺走，太阳系内的战争甚至在厄古尔盆地的第一声枪响之前就已经爆发。它是迄今为止帝国仅有的三艘同型巨舰之一，在图勒小行星带的船坞中秘密建造。在铸造统领凯尔博-哈的共谋之下，这艘船在交付使用的那一刻就被怀言者掠走了，船坞本身也被摧毁了。此时怀言者已经在进攻奥特拉玛的韦瑞迪安星系的行动中大获成功，狂怒深渊号将被他们用于报复罗保特·基里曼的极限战士。
火星的叛乱对帝国的未来生死攸关。机械教的家园世界掌握在背叛者手中，神职队伍分裂对峙，下辖的许多铸造世界被战帅宣布占据，机械教因此陷入了大分裂。两个互相竞逐的铸造统领争夺权力——在火星上的凯尔博-哈，和被放逐到泰拉的扎格鲁斯·凯恩破坏了所有古老的机械教神职机构。泰拉的权力机构企图将所有剩下的战争资源都置于其直接控制之下，特别是泰坦学会的泰坦军团的行为，更进一步恶化了局势，甚至可能导致整个机械教体制的总崩溃。最后是伊格内修斯军团的帝皇级泰坦“火灾”向皇宫议会大厅进军，才解决了泰拉权力机构插手这一棘手问题。正是韦瑟雷尔代表大胆策划了这一事件，危机才得以解除。凯恩被提升到元老的位置，机械修会和泰坦修会这两个新的帝国部门就此建立。在与荷鲁斯旷日持久的战争来临前，这一措施对巩固政治局势发挥了重要作用。这些事件重新定义了火星统治下的机构，以及它和帝国整体之间的关系，对后世影响深远。
在泰拉围攻开始的前几年，还有许多其他内部威胁降临了泰拉和它的姐妹行星。缺席的帝皇对这些危机无能为力，因此维护国家内部安全的责任就落到了马卡多和他的特工们身上，其中担任最重要角色的是游侠骑士。马卡多的战士们在银河中四处奔走，化解对帝都世界的威胁，为战争结束后的帝国的格局奠定了基础。他们的许多工作都在无声地进行。也有许多人发现了这些身披毫无装饰的灰色装甲的军团士兵，但目击者事后都没能幸存下来。
尽管在整个异端叛乱期间，太阳系范围内都爆发着冲突，但只有叛乱的后半部分才被称为“太阳系之战”，这场战争一般认为始于阿尔法瑞斯对泰拉的攻击。
这场攻击出其不意。此时多恩的防御工事已经几乎完成了。皇宫美丽的大厦被改建为森然的要塞。多恩把太阳系分成了五重球形区域，由他的军团分别监视。这道防线的第一层是最外圈，包括海王星和星系边缘之间的空间，而泰拉和月球在第五层。从最外圈一直到帝皇本人的保护，一切都已准备就绪，多恩只需要坐等敌人前来。但是，他错了。
这时黎曼·鲁斯已经归来，因此阿尔法军团面临着要与两支忠诚军团联军作战的可怕局面。然而，阿尔法瑞斯·欧米伽的狡猾无与伦比。他小心翼翼地选择时机，在鲁斯的太空野狼离开太阳系，进行达维尔边疆战役的时候发起了攻击。这场冲突以典型的阿尔法军团风格开始：狡诈、隐秘再狡诈，而后在两百艘阿尔法军团战舰突破第一个球形防御区域时达到了高潮。
潜伏的特工在泰拉行动，其中既有凡人也有星际战士。他们的恐怖活动在帝国的心脏播下了恐慌的种子。数以百万计的人因此死去，甚至出现了叛逆星际战士在皇宫中横冲直撞的不可思议场面。多恩一度措手不及，但很快就反应了过来，最终在冥王星之战中取胜。
没有被任何历史记载下来的是，阿尔法瑞斯曾亲自在战场上与他的兄弟对峙。阿尔法瑞斯声称这次进攻是为了协助多恩的防御，但多恩并不相信，并在战斗中杀死了他。尽管阿尔法军团的原体阵亡，叛徒们还是井然有序地撤退了。多恩亲自下令不要宣扬他的这一伟大胜利。因此除了他的军团之外，无人知道此事。
阿尔法瑞斯的攻击将太阳系的紧张氛围到达了极点。原本就很严密的安全措施被提高到令人窒息的级别。人类家园的居民所剩不多的自由被剥夺了。随着食物越来越少，民众怨恨的情绪也日渐增长。
就这样，在荷鲁斯的军队到达之前，这个星系已经濒临分裂的边缘。