尾声
在荷鲁斯之乱后的几十年中，帝国面临着诸多挑战，这场被荷鲁斯的行为和混沌黑暗诸神的阴谋所激发的叛乱，在整个人类世界中蔓延。荷鲁斯掀起了这场叛乱狂潮——许多个世界都试图走上同样的道路。那些叛变军团和他们扭曲的原体们仍在继续战斗：但不再是为争夺帝国，而是为了自身的存续。战斗持续不断，以致至于有时帝国的安全与庄严几乎如大异端时期一样危若累卵。
忠于帝皇的军队致力于将叛徒和他们的盟友们赶出银河系。大清洗战争持续了许多年，几乎耗尽了帝国的力量。忠诚派不懈地战斗，最终将叛徒们逐入了恐惧之眼——那是亚空间与现实空间混合的奇异之地。它变成了叛徒们的牢笼与据点。帝国驻防舰队在它的边缘巡逻，邻近的星球变成了堡垒世界——时刻准备着与来自恐惧之眼的突袭军队交战。
应对各种叛乱似乎不是最让帝国焦头烂额的问题，此时，众多异形势力趁势崛起。因为在这场内战中消耗了太多的力量，人类发现自己已无力应对新一波的外星物种侵略狂潮。察觉到了人类帝国的虚弱，繁多的异形物种突然涌现或是自远方归来，在人类的世界横行。兽人也开始了迁徙，数目庞大的绿皮正威胁着帝国的安全。帝国腹地周边建立起众多强盛的兽人帝国——后来经过好几个世纪的战争最终能压制下去。
还有海克斯的黑暗同盟、祖鲁尔食人族、约戈尔的机械强化战士、可以改变外形的莱克瑞曼人、卡拉顿的野蛮部落、神秘莫测的灵族、可怕的格伦拜尔袭击者等等，不计其数的异形纷纷开始蚕食四分五裂的人类帝国。当那些异形侵入帝国周边的恐怖故事不时传来，人类的仇外心理变得愈发强烈。
帝皇被困在他的黄金王座中，神秘的王座只能勉强维持他的肉体不腐，并且只有通过灵能的奥秘，以每天牺牲一千名灵能者的代价来维持他的心神。
在这个时期，帝国的政体发生了根本性的改变。唯有通过伟大的星炬发出的神圣光芒，帝皇的存在才在这个新体制中为人所知。这些世界的人民依旧对他顶礼膜拜，但不再把他看成他们的领袖或是君王，而是他们的神。怀言者的洛加肯定会对这一充满讽刺的结果大为光火。
泰拉议会进行了重组，变成了“泰拉元老院”，他们以帝皇的名义发号施令。为了统治帝国，或是与时常存在的混沌威胁做斗争，新的组织和机构相继成立。星际战士军团，则在罗保特·基里曼的指导下，被重整为更小、更灵活的“战团”，以更好地应对帝国面临的无数的威胁——那就是传奇般的星际战士“第二次建军”。虽然依然有足够的效能，但这些新战团已经不再像当初的军团那样强大。星际战士们被重新定义为一支精英打击力量，不再会出现仅仅一人就能统帅数十万星际战士的局面了。在短视的凡人的束缚下，星际战士们出发征服银河的光景再也不会出现了。