然而，受统治的其它六个界，并非心悦诚服地屈于米尔索提亚之下，他们也曾一度势力强盛，企图颠覆整个界梯树的和平秩序。面对其它六界的叛乱，护树骑士团成员以「飞空舰」载运守护骑士，通过狭窄的联通管道次元回廊，降落于各界展开猛攻，不论是叛军还是海贼，皆在这群战斗菁英的强大武力之下一一弭平，界梯树从此经历了一万六千年的和平时光。
直到四千年前，爆发了人称「大接触」的灾难，次元回廊在剧烈的破坏下被封闭，七个界之间从此断了音讯；米尔索提亚更是严重受创，三分之二以上的土地皆变成一片焦土，人员死伤无数。从此以后，护树骑士团被赋予的神圣任务也逐渐被人遗忘。
仅管次元回廊已然封闭，但在米尔索提亚本土，护树骑士团的权威依旧不减。在这个以实力挂帅的年代，不只是平民必须为了明日的生计烦恼，就连身为天之骄子的贵族，都必须为了自己领地的安危提心吊胆。只有护树骑士团能强行终止贵族间恶斗，也因此，他们像传奇英雄般受到广大人民敬重。
在大接触过后，「征服府」每年仍会举办护树骑士团的入团竞技会，以守护骑士的驾驶技巧为选拔的要点，遴选出操纵技巧和战斗技能极其优异的贵族少年。每位年满十四岁的贵族后裔，皆可参与选拔，通过选拔者经过骑士团预备学校三年的训练之后，即可获颁「护树骑士」的称号，同时得以纳入「集团防卫协定」，所属领地因此得以获得护树骑士团的羽翼保护。
不论是在名誉上或是在现实考虑上，护树骑士团都是每个贵族家成员的梦想与目标。
而今，一位身世成谜的少年现身，他谜样的血统将为他带来不可思议的奇遇，并将引领他迈入非凡的护树骑士团之路……