神谕之村·伊榭利亚。洛伊德幼时被住在村子附近的矮人族戴克救了一命，现在跟柯蕾特与吉尼亚斯他们一起在村子里的学校上课。
身为神子的柯蕾特在接受神谕的那一天，遭到跟村子签有不可侵犯条约的迪赛安们的狙击。在千钧一发之际，刚好经过村子的佣兵·克拉特斯出手相救，柯蕾特总算逃过一劫，顺利地接受了神谕。
解除救赎之塔的守护封印，登上刻在地上的通天之梯……
于是，柯蕾特立即跟吉尼亚斯的姐姐，亦是洛伊德他们的级任导师琳菲尔，以及为借助其身手而雇用来担任保镳的克拉特斯，一同踏上世界再生之旅。洛伊德本来也想跟着去，却因为担心他的柯蕾特说了悲伤的谎言，而被留在村子里。洛伊德对此感到错愕不已……
就在这个时候，村子突然受到迪赛安的袭击。受到极大损害的村人们，得知村子受袭的原因是在于洛伊德与吉尼亚斯后，便将他们赶出村子。于是，两人紧追柯蕾特他们而去。
之后，洛伊德与吉尼亚斯总篡在沙漠之镇，特里叶特跟柯蕾特他们重逢。一行人就在跟名为椎名的神秘暗杀者，以及迪赛安们的战斗中继续旅行。
旅途中，为了取得旅行重要指南的《再生之书》，洛伊德他们来到帕尔马可斯塔，却得知《再生之书》已经给了一名叫做科顿的骨董商。科顿表示，只要他们把神灵像拿来，就让他们看《再生之书》。
洛伊德一行人在苏达岛的间歇泉顺利取得神灵像后，便立即赶回科顿的店……
遇去，在世界中心曾存在着一棵孕育玛那的大树。
但大树却因战乱而枯萎，
于是，勇者将生命变成了玛那。
为此叹息的女神消逝在天际。
此时，女神派遣了天使，并说道，
「若是我沉睡了，这个世界将陷入毁灭。届时，唤醒我吧！」
于是天使创造了神子。而神子必须前往通天之塔。
世界再生的起源——自此展开。