距离月影百合成为Cure Moonlight已经过去了两年。
Cure Moonlight连续打败了蝎子莉娜、蜘蛛嘉吉和眼镜蛇拉加三干部所创造的Desertlien，解救了被夺走"心之花"的人们。有时候她也直接与三干部之一对决，但从未败过。
她的战斗表现非常出色，逐渐接近之前的被称为历代Pretty Cure中最强的存在Cure Flower。
其中一个重要的原因是Cure Moonlight与Cologne的搭档关系。
无论她们连续取得多少胜利，她们都会分析当天的战斗情况，并且以此为反思，作为下一场战斗的经验积累。
月影百合升入明堂学园高中部后气质变得成熟，而Cologne的嘴依旧不饶人，但却能精准分析敌人并提出建议，花咲熏子对她们十分满意。不过，她也认为能够连续战胜的原因是三干部尚未合作攻击过她们。
熏子自己是Pretty Cure的时候，"沙漠使徒"的干部们合作过，使她多次陷入困境。但每次都是Coupe拯救了她，所以没有造成大问题。
相比较当时的Coupe和现在的Cologne，Coupe在各个方面都要优秀得多。虽然现在他平时只是呆呆地待着，但一旦危机来临，他拥有足够的能力去打败干部们。
然而，Cologne是一位正在成长的妖精，没有足够的能力。如果干部们一起袭击的话……
此外，熏子对两年前"沙漠使徒"进行电波劫持时出现的面具男子的存在很在意。
那个坐在王座般椅子上，在三干部身后的面具男子并不是杜恩。然而，从他的气场来看，他的地位和战斗能力上都超过了三干部，毫无疑问。
如果面具男子出现在Cure Moonlight面前……
──果然，需要像我走过的路一样，把Cure Moonlight带到Pretty Cure宫殿，让她接受考验。
熏子在心里喃喃自语，但很快摇了摇头。所谓Pretty Cure的试炼，就是为了获得能无限激发Pretty Cure力量的"HeartCatch Mirage"，必须与前代的Pretty Cure对决并取得胜利。
熏子能够与"沙漠使徒"的首领杜恩战斗不分伯仲，多亏了那个"HeartCatch Mirage"。然而，熏子在成为Pretty Cure后的两年半才得到"HeartCatch Mirage"。是当"心之种子"装满了"心灵之壶"的时候。
月影百合收集的"心之种子"还没有填满"心灵之壶"。
考虑到百合成为Pretty Cure还只有两年，她是否能够克服Pretty Cure的试炼，熏子不禁犹豫起来。
当然，现在的熏子没有与百合战斗的体力。她认为只能让Coupe代替自己去战斗。
如果Coupe毫不留情地战斗，即使是与三干部互相匹敌的百合也没有胜算。当熏子与前任的Pretty Cure，Cure Rose战斗时，虽然她比现在的熏子年轻约20岁，但战斗是毫不留情的真刀实枪。可以说是一场真正的生死之战。
──我不能让刚刚开始热衷于Pretty Cure使命并努力奋斗的百合尝到挫折。
熏子这样想着，决定再观察一段时间。
实际上，正如熏子所想的那样，沙巴克博士也命令三干部协力击败Cure Moonlight。然而，虽然他们当场表示同意，但实际上三人只愿意一个人战斗，这让他感到焦躁。
在大约一年或两年后，杜恩会来到地球。如果在此之前不将地球变成沙漠，沙巴克害怕自己的生命受到威胁。迪恩是一个残暴的男人。
在恐惧和焦虑中，沙巴克对生命培养装置进行了加速少女成长的操作。少女经历了快速成长，但代价是她的背上的翅膀变成了单翼。虽然她是人造人，但由于将她当作女儿一样培养，沙巴克对此感到悲伤。
然后，终于到了那个少女从生命培养装置中出来的时候。
沙巴克给她起名为Dark Pretty Cure，并给予她一套黑色哥特洛丽风格的服装。但他不允许称呼自己为父亲。
沙巴克和Dark Pretty Cure之间更像是主仆关系，而不是亲子关系。没有"心之花"的Dark Pretty Cure对沙巴克的命令绝对服从。
沙巴克最初给予Dark Pretty Cure的任务是调查Cure Moonlight的真实身份。
之前他曾给那些不与Cure Moonlight交战的干部分配过这个任务，但他们的杀气太重，被妖精Cologne感知到并多次失败。
"你不需要与Cure Moonlight战斗，专心调查她的真实身份就行了。"
"是。"
Dark Pretty Cure行了个礼后离开了房间。
当Dark Pretty Cure抵达希望之花市时，正是眼镜蛇拉加创造出的Desertlien被Cure Moonlight打倒并夺回"心之花"的时候。
Dark Pretty Cure隐藏在离火车站稍远的公寓楼顶上，窥视着Cure Moonlight和眼镜蛇拉加的情况。
"Cure Moonlight，你真美啊。我喜欢把美丽的东西玷污。我想看到你那美丽的脸被切割成碎片。"
眼镜蛇拉加轻轻抬起右手，指缝间出现了四张卡片。每张卡片上都有眼镜蛇拉加摆姿势的照片。
Cure Moonlight拿出装有"心之花"的水晶递给Cologne，并瞪着他。
"你也真是不知悔改。凭那样的卡片你无法打败我。"
"呵呵呵，今天的卡片可不只是这个。我还带来了最强的卡片哦。"
眼镜蛇者满怀自信地交叉双臂，左手出现了另一张新卡片。那是他自己穿着泳裤摆出性感姿势的照片。
"！……"
Cure Moonlight已经不只是生气，而是感到厌烦。
"哎呀？你不高兴吗？"
"真是太蠢了！快点结束这场战斗吧！"
"你说我傻吗？你把我稀有卡片当什么！吃我这招！"
眼镜蛇拉加愤怒地跳起来，然后从他的左右手中朝Cure Moonlight扔出了八张卡片。
"稀有卡片的爆炸威力是翻倍的。再见了，Pretty Cure！"
眼镜蛇拉加得意地笑着，就在那一瞬间，Cure Moonlight向飞过来的卡片突然伸出双手。
"Moonlight Reflection！"
她的掌心闪耀着光芒，两个银色圆形盾牌出现了，朝着飞来的卡片飞去。
然后，Cure Moonlightht用伸出的双手迅速地描绘圆圈，两个盾牌也跟着画出同样的圆圈，成功地阻挡了飞来的炸弹卡片。
卡片接连撞击在盾牌上并爆炸，但盾牌毫发无损。
"什、什么！？你什么时候学会这样的技能的！？"
"你们"沙漠使徒"的干部完全没有沟通能力啊。蝎子莉娜和蜘蛛嘉吉应该也知道吧？"
"他们……！"
眼镜蛇拉加愤怒地颤抖着肩膀，再次让手中出现炸弹卡片，并向Cure Moonlight扔去。
Cure Moonlight迅速跳起，左手掌心向后下垂，右手的掌心向眼镜蛇拉加伸出。
然后，两个银色的盾牌分离开来，一个瞬间移动到炸弹卡片的前方，另一个移动到眼镜蛇拉加的侧面。
两个盾牌可以随着Cure Moonlightht的意念而移动。
当炸弹卡片即将撞击第一个盾牌时，盾牌的角度发生了变化。卡片炸弹被盾牌弹开，飞向第二个盾牌。
"什、什么！？"
眼镜蛇拉加惊讶地大叫一声，就在此时，Cure Moonlightht改变了右手腕的角度。
同时，第二个盾牌的面向也发生了变化，将飞来的炸弹卡片弹开。卡片朝着眼镜蛇拉加飞去。
"！──"
眼镜蛇拉加想要逃跑，但已经来不及了。炸弹卡片接连爆炸，伴随着惨叫声，眼镜蛇拉加被击飞到高空中。
"Moonlightht，这笔账一定会还的！"
留下不服输的一声，眼镜蛇拉加被吸入蓝天之中。
观察着这一幕的Dark Pretty Cure感到愤怒涌上心头。
"这个愚蠢的家伙。如果一直由这样的干部负责，就永远无法击败Cure Moonlightht。这次就由我一口气……"
当她低声嘀咕时，Cure Moonlightht身旁的Cologne回头朝这边看。
Dark Pretty Cure迅速躲避了下来。
──被察觉了吗？
Dark Pretty Cure冷静下来，消散了她的杀气。
Cure Moonlightht注意到Cologne的样子，询问道。
"怎么了？"
Cologne一直盯着Dark Pretty Cure所在的公寓，
"奇怪，我感受到了一股非常强大的气息，但好像是我的错觉。"
"Cologne，快把"心之花"还给它的主人吧。"
两人迅速躲到一个物体后面，将八角锥和球体水晶放在一起。他们今天救出的人是一位被派去执行无聊工作的50岁左右的上班族。
在上班族醒来之前，Cure Moonlight解除了变身，变回了月影百合。然后，她告诉醒来的上班族他在这里昏迷了，并说道。
"看起来你已经没事了。我知道上班有很多辛苦和困难，但请继续加油。那我先告辞了。"
上班族一瞬间楞住，然后很快露出笑容，向百合点头道。
"谢谢你。"
他离开时，向百合鞠躬致意。
Dark Pretty Cure已经飞升到了公寓楼顶上空500米的位置，观察着这一切。Dark Pretty Cure的视力比猛禽还要敏锐，听力也像兔子一样敏感，她能看到百合的真面目，也听清了与上班族的对话。
Dark Pretty Cure满意地发现自己没有被百合和Cologne察觉到，然后从空中缓缓开始尾随跟踪。
然后，当百合进入植物园职员宿舍，走进三楼的房间时，Dark Pretty Cure突然俯冲下降，降落在另一栋建筑的屋顶上。她用自己的视力看到了门旁边的名牌，确认了"月影英明 春菜 百合"的名字。她抑制住了想要抹杀百合的心情，返回了"沙漠使徒"的巢穴。
听到月影百合的名字，沙巴克博士震惊了。虽然他戴着面具，但Dark Pretty Cure的眼中也能察觉到他的动摇。
沙巴克静静地坐在椅子上，双臂交叉思索着。
长时间的沉默过后，Dark Pretty Cure忍不住问道
"沙巴克博士，您认识月影百合这个女孩吗？"
"不……"
又是一段长时间的沉默。
"就算那个女孩成为Pretty Cure，我也能打败她。请您下令让我抹杀掉她，"
Dark Pretty Cure说道。
为了不让Dark Pretty Cure察觉到自己的动摇，沙巴克尽量保持冷静回答。
"那种事情就交给蝎子莉娜她们吧。你还有更重要的任务。"
"比打败Cure Moonlight还重要的任务吗？"
"那就是寻找"心之大树"。只要让"心之大树"枯萎，Pretty Cure的能力也将失去。"
"原来如此……！"
沙巴克对Dark Pretty Cure的配合感到安心，他告诉她"心之大树"在清水和新鲜空气环绕、人迹罕至的地方不断转移。然后，他在椅子背后的墙上投影出世界地图，用红点标出了"心之大树"可能扎根的候选地点。光是粗略估计就有5000个。
"要全部都找到吗？"
"是的。对你来说应该不是问题吧？"
"我明白了。"
Dark Pretty Cure鞠了一躬，离开了房间。
Dark Pretty Cure按照沙巴克博士的命令继续寻找"心之大树"。
大约过了三个月，她在瑞士的深山中发现了"心之大树"。然而，察觉到Dark Pretty Cure的存在后，"心之大树"释放出浓雾，像是布下了烟幕弹。当雾气散去时，"心之大树"连同周围的土地一起突然消失了。
Dark Pretty Cure急了眼地搜索周围，但却找不到它。
"算了。下次见面时，我一定会让它枯萎的。"
低声咒骂着，Dark Pretty Cure前往报告沙巴克。
回到"沙漠使徒"在地球轨道上漂浮的巢穴，准备去见沙巴克博士的Dark Pretty Cure发现蝎子莉娜正坐在城墙边，俯瞰着广袤而荒凉的沙漠。
"你又被Cure Moonlight打败而黯然失色了吗？"
突然，从背后传来的声音让蝎子莉娜吃了一惊，她转过身去。
"你是谁啊？一个下等人居然如此轻易地和我搭话，真是可笑！"
"哦，是吗？我可真是比你更下等呢。"
Dark Pretty Cure挑衅地说道。
"啊，真是气人！每次看到你的脸，就想起那可恨的Pretty Cure，真是让人生气！快点消失吧！"
听到蝎子莉娜意外的话语，Dark Pretty Cure感到困惑。
"你是什么意思？"
"哎呀，你还没注意到吗？虽然发型和头发颜色不同，但你的脸和Cure Moonlight长得一模一样呢。"
"我和Cure Moonlight……！？"
看到Dark Pretty Cure的动摇，蝎子莉娜心生恶意，想欺负她作为对Cure Moonlight的报复。
"既然你是Dark Pretty Cure，难道你身上带有Cure Moonlight的DNA吗？"
"怎么可能！"
"是吗？之前"沙漠使徒"的科学家曾经说过。我们干部注入了生活在沙漠中的蝎子和眼镜蛇等动物的DNA，但在制造你时，沙巴克博士使用了被称为护符的物品中的人类头发……"
蝎子莉娜还没有说完，Dark Pretty Cure突然发出了一小声"啊"。
头脑中一直纠缠着的迷雾瞬间消散，思绪变得开阔起来。
──博士之所以不让我消灭Cure Moonlight，是因为我的体内携带了名为月影百合的女孩相同的DNA……。如果这样想的话，一切都能合理解释。
Dark Pretty Cure继续思考。
──那么，我和月影百合就像姐妹一样吗？
蝎子莉娜看着默不作声的Dark Pretty Cure感到可疑，问道。
"喂，你有在听我的话吗？"
"你在妨碍我思考！"
Dark Pretty Cure用轻拳击打了蝎子莉娜一下。然而，那威力惊人，蝎子莉娜发出惨叫，飞向了沙漠的彼方。
Dark Pretty Cure毫不在意地进入了基地建筑物中，完全忽视了蝎子莉娜的存在。
当Dark Pretty Cure来到沙巴克博士的房间前时，她停下了脚步。一个新的疑问在Dark Pretty Cure的脑海中产生了。
──沙巴克博士也是人类吗？但是，他现在是"沙漠使徒"地球征服计划的核心人物，得到了杜恩大人的信任。然而……
就在思考到这一点时，她停止了自己的思考。她害怕确认沙巴克博士的真正意图。虽然她不能称呼他为父亲，但他就像教女儿一样，对她讲了很多关于地球和人类的知识。
──我应该停止做让沙巴克博士讨厌的事情。
Dark Pretty Cure下定了这个决心后，进入了沙巴克博士的房间，只向他报告了关于"心之大树"的事情。
此后，Dark Pretty Cure在继续搜寻"心之大树"的同时，秘密地多次造访希望之花市。
有时她会化装，收集月影百合的情报。当得知月影百合的父亲在法国失踪已经超过两年的消息时，Dark Pretty Cure对自己的想法更加确信了。
为了获得证据，她询问了蜘蛛嘉吉。
"沙巴克博士是人类吗？"
"你为什么会问这个问题呢？"
蜘蛛嘉吉怀疑地询问道。
"嗯，只是不知为何想知道而已。"
"嘛，对你来说，他有点像老爹的人物，我也不太清楚。但是，我听Bosnnakey说过一些事情，沙巴克博士是"心之大树"的研究者，他的研究陷入了困境，然后被杜恩大人看中成为他的仆从。"
Dark Pretty Cure满意地点了点头，然后径直离开了蜘蛛嘉吉的面前。
"喂，连一点礼貌都没有吗？真是一个毫无可爱之处的女孩子呢。"
蜘蛛嘉吉苦涩地目送她离开。
第二天，Dark Pretty Cure假装前往寻找"心之大树"，尾随着前往希望之花市的蜘蛛嘉吉。
在植物园旁边的公园里，蜘蛛嘉吉所创造的Desertlien像往常一样被Cure Moonlight击败并净化。
蜘蛛嘉吉停止了直接战斗，
"我正在研发能够击败你的必杀技。下次见面时，一定会将你击败。洗好脖子等着吧。"
突然消失了。
从空中观察着的Dark Pretty Cure，与之前观察眼镜蛇拉加一样，对蜘蛛嘉吉的无能也感到愤怒。当她看到众人对Cure Moonlight的鼓掌和欢呼时，愤怒之情涌上心头。
──沙巴克博士的女儿只需我一个就行了。
想到这一点，Dark Pretty Cure突然开始急速下降。
把因为和丈夫不和，而被利用变成Desertlien的家庭主妇的"心之花"放回去，Cure Moonlight感受到了一股强烈的杀气，抬头望去。
一个像黑影一样的东西正迅速接近。
Cure Moonlight没有时间将失去意识的主妇安全撤离到其他地方，便决定迎头对抗。她跳起来试图应对下坠而来的Dark Pretty Cure。
Dark Pretty Cure的速度惊人，从下方跳起的Cure Moonlight被一拳击飞。
Cure Moonlight撞到了树干上，倒地不起。由于那一拳的威力过于强大，Cure Moonlight的脸颊肿了起来，嘴里滴下了血。
尽管如此，Cure Moonlight振作起了斗志，艰难地站了起来。而在她面前，Dark Pretty Cure带着从容的笑容着陆了下来。
"你是谁，你是什么人！？"
"我的名字是Dark Pretty Cure。"
Cure Moonlight感到震惊。
"你是Pretty Cure！？"
不只是Cure Moonlight感到惊讶，隐藏在植物园的花咲薰子也是如此。不，还有另一个人，就站在薰子的背后。那是Coupe。
"Coupe，你来了啊。如果Cure Moonlight有什么问题的话就拜托你了"
听到薰子的话，Coupe眨了眨眼睛。
Dark Pretty Cure慢慢靠近Cure Moonlight说道。
"如果你是月亮之光，那么我就是月亮的影子。当影子吞噬了光芒，这个世界将变为黑暗，成为我们"沙漠使徒"的领地"
"绝对不会让你得逞！"
Cure Moonlight猛冲上前，发动了连续的强烈踢击和拳击，但Dark Pretty Cure轻松躲开了所有攻击。
"你这种程度的技术无法击败我。现在轮到我来攻击了！"
Dark Pretty Cure以相似的踢击和拳击向Cure Moonlight发动攻击。Cure Moonlight似乎用薰子教给她的空手道技术成功阻挡了所有攻击，但对于Dark Pretty Cure来说，那只是一些小技巧用来拖延时间。
Dark Pretty Cure一边发出踢击，一边在手掌中聚集着黑暗能量，然后一口气朝着Cure Moonlight释放了出去。
尽管Cure Moonlight在受到踢击时就察觉到了Dark Pretty Cure的意图，她双臂交叉进行了防御，但面对那能量波的强大，她再次发出尖叫并被击飞了出去。
然而，在即将撞到地面之前，Cure Moonlight反转身体，勉强站稳了脚步。
──与此前战斗过的"沙漠使徒"干部们完全不同。这里！
Cure Moonlight迅速伸出右臂向右下方。
"聚集吧，花之力量！Moon Tact！"
Moon Tact出现在她的手中。就在那时，一直紧闭的Dark Pretty Cure的右眼猛地睁开。与左眼的蓝色不同，它是金色的。
"黑暗的力量集结！Dark Tact！"
Dark Pretty Cure也以相同的姿势，召唤出类似Moon Tact的Dark Tact。
"不、不可能……！"
趁着Cure Moonlight剧烈动摇的间隙，Dark Pretty Cure先行行动。
"Pretty Cure Dark Power Fortissimo！"
挥动Dark Tact，邪恶的"ff"标记出现，然后化为红色的能量波，朝着Cure Moonlight飞去。
稍稍迟了一步，Cure Moonlight也发动了，
"Pretty Cure Floral Power Fortissimo！"
与Dark Pretty Cure一样，出现了"ff"的标记，并释放出圣洁的银色光的能量波。
红色和银色的能量波相互碰撞。然而，先发出的Dark Pretty Cure的能量波由于加速度更高，威力更强，银色的能量波被推开，在Cure Moonlight面前爆炸。浓烟弥漫四周。
"胜利了……阴影吞噬了光芒。"
Dark Pretty Cure喃喃自语，她的脑海里浮现出了尊为父亲之人、沙巴克博士的面孔。
虽然沙巴克博士曾告诫过不要插手抹杀Cure Moonlight，但只要带着Cure Moonlight的尸体作为纪念品带回去，他一定会非常高兴。
仅仅想象到那个场景，Dark Pretty Cure的胸口因喜悦而颤抖。
"请等我，沙巴克博士。"
她喃喃自语着，等待烟雾散去。
然而，当烟雾消散后，Cure Moonlight的身影消失了。
"什么！？"
Dark Pretty Cure惊愕不已，这时，从后方飘落下许多玫瑰花瓣。
Dark Pretty Cure回过头，发现站在公园内街灯上，站着一个年轻人，抱着解除变身、穿着白色长裙、昏迷的月影百合。那个年轻人穿着像大正时代书生一样的碎花和服和裤裙，戴着眼镜，他就是变身的Coupe。
"你是谁！？"
Coupe保持着冷静的表情，没有说话，居高临下地俯视着Dark Pretty Cure。他的右肩上还坐着Cologne。
"可恶！如果你不回答，我就要动用武力……"
正当Dark Pretty Cure准备挥舞Dark Tact时，
"停手，Dark Pretty Cure！"
伴随着这声音，沙巴克博士出现在旁边。
"沙、沙巴克博士！？"
Dark Pretty Cure惊讶地大叫，无视她的惊讶，沙巴克伸出右手，充满黑暗能量。
与此同时，Coupe也举起左手指向天空，玫瑰花瓣的旋风开始卷起。
在沙巴克释放能量波的瞬间，Coupe抱着百合突然消失。
能量波在远处的天空中爆炸。
"博士，那个男人是谁……"
刚说出这句话的瞬间，沙巴克猛然一记强烈的巴掌打来。
Dark Pretty Cure被击飞，滚落在地。
"博……博士？"
Dark Pretty Cure表情中透露出近乎要哭出来的神情。
"明明我曾经告诉过你不要接近Cure Moonlight！你这家伙！"
Dark Pretty Cure再次预料到要被打，她双手抱头屈身在地上。
然而，沙巴克没有打她，而是握住了Dark Pretty Cure的右手腕。Dark Pretty Cure感受到了沙巴克的愤怒，他用力握住她的手腕。
在Dark Pretty Cure害怕地看着沙巴克的瞬间，他们的身影突然消失了。
看到这一幕的薰子，感受到戴着面具的男人不可思议的恐惧，令她身体颤抖。
"不能再继续这样下去了。"
薰子喃喃自语，迅速离开了那个地方。
薰子走进玩偶馆时，百合正好恢复了意识。
"我……我这是？Dark Pretty Cure呢？"
"不用担心。那个面具男……好像是叫沙巴克博士的。她和那个男人一起离开了。"
听到薰子的话，百合脑海中浮现出被Dark Pretty Cure的Tact击飞之前的记忆。
"Dark Pretty Cure到底是什么人？"
"不知道。我认为它可能是"沙漠使徒"为了对抗Pretty Cure而创造的。然而，在你昏迷期间出现的那个叫沙巴克的面具男比Dark Pretty Cure更具黑暗力量。"
"我不会再输给Dark Pretty Cure或者那个面具男了。"
熏子捂着肿起的脸颊，用手按住，说道
"我能理解百合的心情，但我仔细看过，Dark Pretty Cure和Cure Moonlight的力量不相上下。但沙巴克应该更强。"
"这怎么可能……"
百合有点晕眩。确实，百合承认Dark Pretty Cure的力量，但她不想输，
"我要变得更强。"
百合喃喃自语的时候，正在桌子上听着的Cologne说道。
"你一定能做到。"
"Cologne……？"
Cologne微笑着，把右手伸进Coupe胸前的心形标记里，取出了"心灵之壶"，将刚刚帮助主妇时诞生的"心之种子"放了进去。
"现在满了，Cure Flower。"
Cologne递给她"心灵之壶"，薰子确认里面的"心之种子"已经满了，看着百合说道。
"时机刚刚好呢。百合，等你脸颊的肿胀好了，拿着这个去 Pretty Cure宫殿吧。"
"Pretty Cure宫殿？"
"那是只有把"心灵之壶"里的"心之种子"灌满的人才能去的神圣城堡。是为了保护"心之大树"和人们的"心之花"，能让你成长为更强大的Pretty Cure的地方。
"
"我明白了。我现在就去。"
"别着急，百合。如果你去Pretty Cure宫殿，会有很大的考验在等着你。你必须在心身都处于最佳状态下去，才能克服那个试炼。"
"试炼……那是什么？"
"我不能亲口告诉你。但是，我相信你一定能够克服它。"
百合点了点头，接过了薰子递给她的"心灵之壶"，
"等我脸颊的肿胀消退后，我会来这里的。"
说完，她和Cologne一起离开了玩偶馆。
此时，Dark Pretty Cure再次踏上了寻找"心之大树"的任务。
距离她擅自与Cure Moonlight战斗已经过去了三天。在这三天里，Dark Pretty Cure被囚禁在牢房中，但今天早上她获得了沙巴克博士的允许，恢复了自由，现在正飞翔在笼罩大地的浓密云层之中。
沙巴克的话在Dark Pretty Cure的脑海中反复回荡。
"你是为了成为我的左膀右臂而诞生的。一个没有"心之花"的人，拥有无聊的情感又有什么用！从现在开始，只需执行我的命令！"
虽然她一方面希望恢复沙巴克博士对她的信任，但对月影百合的仇恨也越发增加。
"下次见面一定……"
当她喃喃自语的时候，Dark Pretty Cure原本紧闭的右眼突然睁开了。
她发现了在云间缓缓飞行的"心之大树"。
Dark Pretty Cure立即与沙巴克联系，开始追踪"心之大树"，但保持一定的距离，以免被察觉。
与此同时，月影百合的脸颊肿胀已经完全消退，她来到了植物园的毛绒玩具馆。
看着百合的脸，薰子说道。
"肿胀好像已经消退了呢。"
"是的，我现在就去Pretty Cure宫殿。"
"在那之前……刚刚，我听到了"心之大树"的声音传到了我的心里。它好像想见到你。"
"也许，关于爸爸的一些情报会给我吗？"
百合的表情变得开朗起来。
"我不清楚，但我觉得这不是坏消息。"
"我知道了。但是，该怎么去……？"
"只需将"心灵之壶"对准Coupe的心形标记，神圣的光就会将你带到"心之大树"那里。"
百合按照薰子的指示，将"心灵之壶"对准了Coupe的心形标记。刹那间，白光将百合和Cologne包围，闪光同时，两人的身影消失了。
薰子满意地点了点头，看着Coupe说道。
"Coupe，我们先去Pretty Cure宫殿等候吧。"
Coupe眨了眨眼，薰子抱住它的胸口。下一刻，两人的身影瞬间消失了。
"这、这就是……"心之大树"！"
百合仰望着眼前耸立的"心之大树"，发出了惊叹的声音。
"心之大树"分成了许多树枝，每一根枝条上郁郁葱葱的叶子茂盛，开满了无数缤纷的花朵。它散发出一种让人感到神圣的气息，仿佛是地球上所有生命的源泉。
就在这时，"心之大树"根部的洞口发出光芒，淡粉色和蓝色的光芒飞出，在百合和Cologne面前停下，两位小小的妖精出现了。
"Cologne，好久不见了。"
一位竖耳的妖精看着Cologne说道。
"你过得还好吗？"
一位垂耳的妖精接着说道。
Cologne微笑着，向百合介绍了这两位妖精。
"他们和我一样，是从"心之大树"诞生的妖精，他们是Shypre和Coffret。"
"初次见面。我是Shypre。"
竖耳的Shypre进行了自我介绍，垂耳的Coffret紧随其后。
"我是Coffret。一直和"心之大树"一起注视着Cure Moonlight的活跃。"
"Cure Moonlight非常强大呢。"
"谢谢。我也很高兴认识你们。"
百合抱着两个妖精，温柔地抚摸着他们的头。
"和Cologne不一样，你们真可爱呢。"
百合说着带着顽皮的笑容。
"嘿嘿，我可不可爱哦。抱歉了。"
Cologne摆出了一副生气的样子，但很快又露出笑容。
"Coffret和Shypre和我一样，拥有"心之香水"。所以，我觉得我们可以让另外两个新的Pretty Cure诞生，作为你的伙伴。"
"我们也想为Cure Moonlight出一份力。"
"正是为了这个目的，"心之大树"才会召唤Cure Moonlight。"
"原来是这样吗……"
百合本以为可以得到关于父亲的信息，稍微感到了一些失望，她放开了Shypre和Coffret，背过身去。
"Cure Moonlight，你不想要伙伴吗？"
Cologne问道，百合仍然背着身子回答道。
"一个人足够了。Cure Flower也是一个人战胜了"沙漠使徒"的首领杜恩，不是吗？"
"是的……但那时候的情况和现在不一样。现在有沙巴克博士和Dark Pretty Cure在那里。"
"没问题的。我不会输给任何人！"
百合转过身来微笑着说道。
"可是……"
Shypre和Coffret想说些什么，但被Cologne制止了。Cologne从百合的表情中领悟到她不会改变主意。独自一人和"沙漠使徒"战斗的百合，放弃了她热爱的田径运动，不断保持警惕，随时准备面对那些不知何时会袭击的敌人。Cologne觉得这对一个16岁的女孩来说是一种艰苦的事情。所以，百合不想让任何人承受与自己相似的苦难。对于百合的善良，Cologne由衷地敬佩。
"明白了，百合。我们一起去Pretty Cure宫殿，变得更加强大吧。"
在Cologne的话语下，百合点了点头。
突然，从空中传来一个女性的笑声。
与此同时，一个黑影迅速降落下来，那是Dark Pretty Cure。
"Dark Pretty Cure！"
百合立刻把Shypre和Coffret藏在身后，
"Shypre，Coffret，躲到"心之大树"里面去"
她低声说道，两人慌忙飞向"心之大树"的方向。
Dark Pretty Cure降落在百合面前，露出从容的笑容。
"呼呼呼呼，追踪"心之大树"的时候，没想到能在这里遇到你。"
"Cologne，给我"Pretty Cure之种"！"
百合大声喊道，取出了"心之香水"。
Cologne点了点头，迅速从胸口释放出"Pretty Cure之种"给了百合。
百合接住种子，立刻装入"心之香水"中，变身成为Cure Moonlight。
"在月光下绽放的一朵花，Cure Moonlight！"
立刻，Dark Pretty Cure发动了先制攻击。但Cure Moonlight并不示弱。她成功地阻挡了Dark Pretty Cure的踢击和拳击，并且进行了反击。
激烈的肉搏战持续着，两人同时跳向后方。
两人稍作休息后，再次展开肉搏战。正如薫子所说，两人完全不相上下。
就在两人分开，稍作休息的时候。
Shypre和Coffret颤抖地从"心之大树"的枝上看着，而在大树前看守着两人战斗的Cologne，感受到了某种气息，抬头望向天空。
一团散发着邪恶光芒的物体飘然而下，在Cure Moonlight身后，变成了沙巴克博士。
"Moonlight，沙巴克博士来了！"
Cologne大声喊道，Cure Moonlight瞥了一眼沙巴克，
"没关系，我一个人可以战斗！"
就在那一瞬间，迅速接近的Dark Pretty Cure发出旋转踢，打中了Cure Moonlight，她被击飞了出去。
然而，Cure Moonlight迅速站起身，再次向Dark Pretty Cure发起挑战。她不能连续两次输给同一个对手。Cure Moonlight的斗志非凡，逐渐占据了上风。
沙巴克朝着Cure Moonlight伸出右手。那只手掌迅速充满邪恶能量。
Cure Moonlight的掌底打击击中了Dark Pretty Cure的腹部，她踉跄着后退了两三步。Cure Moonlight没有错过机会，紧接着发动了连续的突击。
"Moonlight，危险！"
伴随着这声音，Cologne飞了过来，像是保护着Cure Moonlight一样张开了双手。
"诶！？"
就在Cure Moonlight回头的瞬间，从沙巴克的手掌中释放出邪恶能量。
能量波以惊人的速度飞来，击中保护Cure Moonlight的Cologne并引发爆炸。
随着风的流动，烟雾被驱散，显出了承受能量波的冲击的Cologne。
"呃！？"
沙巴克惊呼道。
Cologne将邪恶能量吸收到自己的身体里，以自己的生命为代价，最后耗尽力量，在Cure Moonlight的脚边倒地。
"Cologne！？"
Cure Moonlight抱起Cologne。Cologne竭力吐出最后一口气，喃喃道。
"太好了……你平安无事……"
Cologne的身体开始变成土色。
"再见了……Cure Moonlight……"
就在那一瞬间，Cologne的身体变黑，并四分五裂，随风飘散而去。
"Cologne——————！"
Cure Moonlight悲伤的声音回荡着。
"呵呵呵呵，你也完蛋了。与"心之大树"一同毁灭吧"
Dark Pretty Cure露出冷酷的笑容。
Cure Moonlight跪在地上，哭泣着低下头。但她慢慢地站了起来。
"我不会原谅你们……直到为Cologne报仇，我将继续战斗下去。"
说着，
"聚集吧，花之力量！Moon Tact！Pretty Cure Floral Power Fortissimo！"
与此同时，Dark Pretty Cure也喊道，
"黑暗的力量聚集吧！Dark Tact！Pretty Cure Dark Power Fortissimo！"
两人用Tact绘制出"ff"的符文，身体被银色和红色的光芒所包围，急速接近并剧烈碰撞。两道光芒不断分离又再次碰撞。
然而，在几次碰撞中决出了胜负。
Dark Pretty Cure猛地后退，踉跄着单膝跪在地上。Cure Moonlight以为自己取得了胜利，但事实并非如此。
伴随着惨叫声，Pretty Cure的服装消失了，变回了变身前的白色长裙，并倒在地上。
在她旁边，Moon Tact和"心之香水"的滚落在地。
Cure Moonlight只凭着对失去Cologne的仇恨进行战斗，注定没有胜利的机会。
曾经盛开的"心之大树"的花朵和叶子被风吹散，迅速凋谢。
沙巴克慢慢靠近倒地的Dark Pretty Cure，然后笑了起来。
"呵呵呵……传说中的战士Pretty Cure，你已经被打败。一旦"心之大树"枯萎，这个星球将属于我们"沙漠使徒"。"
然而，尽管所有的花朵和叶子都凋零了，"心之大树"却没有枯萎。
"唔！？花和叶子都凋谢了，为什么它不会枯萎！？"
沙巴克不满地说道。 Cure Moonlight微微动了一下手指，拼尽最后一丝力气抬起头。
"真可惜……即使我倒下……守护"心之大树"的Pretty Cure，一定会出现在你们面前。"
Dark Pretty Cure冷笑着，再次挥舞着Dark Tact。
"呵呵呵呵，你也完蛋了。吃我一招吧！"
她挥下Dark Tact，释放出邪恶的能量波。
百合用手中紫色的"Pretty Cure之种"接住了能量波。然后，她转身对着"心之大树"树荫下颤抖地看着她的Shypre和Coffret说道。
"Shypre、Coffret，把"心之香水"交给下一位Pretty Cure！"
两人颤抖着点了点头，飞向天空。
"让开！"
正当 Dark Pretty Cure要追赶两人时，那颗无法再压抑邪恶力量的"Pretty Cure之种"终于出现了裂痕。
"妖精们啊，请你们为我找一个替代者……！"
百合的表情变为了无奈，"Pretty Cure之种"发出了声音，破裂开了。
刹那间，发生了巨大的爆炸。
原本漂浮在高空中如同一座大岛般的"心之大树"周围的土地四处散开，形成了几个小岛般的土块漂浮在各处。
在其中一个土块上，沙巴克和 Dark Pretty Cure乘坐着它，仰望着托着"心之大树"的较大岛屿。
就在那时，一道闪亮的光芒从那座岛屿上落下，降落在两人面前。
Dark Pretty Cure捡起来看，那是破碎了三分之二的"Pretty Cure之种"的碎片。
"我去确认一下Moonlight是否已经死了"
Dark Pretty Cure准备向"心之大树"飞去，但被沙巴克拦住了。
"即使她还活着，没有"Pretty Cure之种"，她也无法再成为Pretty Cure了。别管她"
"但是……"
就在那一瞬间，沙巴克抱住了Dark Pretty Cure的肩膀。
"！──"
Dark Pretty Cure惊讶地抬起头，看着沙巴克的侧脸。
"Dark Pretty Cure，干得好。我们回去庆祝一下"
沙巴克的话让Dark Pretty Cure的脸颊微微泛红。
对于视沙巴克为父亲的她来说，这是第一次听到的赞美之词，Dark Pretty Cure露出了幸福的表情。
薰子和Coupe也一同注视着载着沙巴克和Dark Pretty Cure远去的岛屿和"心之大树"。
在Coupe的双臂中，是心灵和身体都破碎不堪的百合。
由于担心百合和Cologne一直没有出现在Pretty Cure宫殿，当他们靠近"心之大树"时，正好目睹了百合被Dark Pretty Cure打败的情景。
Coupe紧急救出百合，这是薰子唯一的安慰。
"如果我能更早一点把百合带到Pretty Cure宫殿的话……"
薰子的双眸溢满了泪水。
就在那时，百合握紧的右手慢慢松开，掉落了一样东西。那是"Pretty Cure之种"的一片破碎。
薰子捡起它，凝视着只剩下三分之一的"Pretty Cure之种"。就像百合的内心一样，这颗受伤且不再闪耀的种子，薰子紧握着它，新的泪水再次溢满她的眼眶，滴落下来。