【公元前三世纪】
某个住于密教信仰部落的一族，崇拜着绘有眼睛徽章的石碑『神之石』，并开始对它祷告。那一族的族长阿德尼斯与可信赖的朋友伊迪斯及丹顿一起着手开发不毛之地。
就在途中，凶王侵略的魔掌正迫近阿德尼斯一族。就在绝望的状况下阿德尼斯一族向石碑祈祷，石碑就像呼应着他们一般打开了异空间的传送门，阿德尼斯一族亦决意迁移至新的天地。以柳莱为首的一部分人为让阿德尼斯安全逃往新天地，留在原地担任石碑的守护者。[小说]
【公元前二零零年代】
以阿德尼斯为领导者的一族，在新天地借助着伟大之眼的力量向着理想世界的目标进发。伊迪斯及丹顿为创造亚德尼斯心中的理想世界而出一分力，利用以前留在当地的遗迹及文明，形成了一个独立的都市，世界亦因而急速进步。这些进步很大部分是来自自称为「加努曼」的伟大之眼所赋予的全知全能力量。于同一时期亚兰亦诞生了。
但另一方面大气被污染，慢慢开始侵蚀着各人的身体，「赤死病」开始流行。[小说]
【公元前一九二年】
阿德尼斯虽然命令伊迪斯及丹顿改善大气，但不幸地亚德尼斯的妻子·亚莉丝亚殒命。[小说]
【公元前一八零年】
亚莉丝亚死后，阿德尼斯深深陷入悲痛及绝望深渊之中，并沉醉于构建出人不会死世界的思想。伊迪斯遵从阿德尼斯之命，构建出让肉体保存着，并以分身进行活动的眼魂系统。另一方面，丹顿亦开始研究如何诞生出能够适应世界环境的人类。丹顿不但改造了自己的肉体，还让众多同胞成为了实验材料。当中还包括了后来登场的克洛伊。阿戴尔亦对丹顿的思想着迷，开始对研究有所兴趣。[小说]
【公元前一七五年~】
阿德尼斯正式采用由伊迪斯所构思的眼魂系统，还使用了伟大之眼的力量，建造出现今正在使用的系统。眼魂系统的时代正式展开——人不会死的世界实现。反对这系统的丹顿等人亦被强行拉进眼魂系统之内。
此外与异空间联系的传送门方面的研究亦有所进展，可让非有机物安全通过传送门的系统正在开发。
另一方面，丹顿否定了由阿德尼斯及伊迪斯所构建的眼魂系统，并秘密地进行强化人类的研究。在利用眼魂系统及分身进行了跨越数百年的研究后，在对自己被保存的肉体进行实验下，不单能够适应环境，还得到了超越人类的强韧肉体及极高的身体能力，因此而舍弃了分身。
之后，丹顿便有如接近不死的存在，并对以克洛伊为首的同伴们施以同样的术法，让众多的同胞自眼魂系统中解放。同时他开始沉醉于创造更超前于进化人类的终极人类，并开始了试作型的培育工作。他经历了一次又一次的失败，而悟代（后来的深海大悟）则于被废弃的生命面前，被深邃的悲痛及罪恶感所苛责。[小说&V-CINEMA「Ghost RE:BIRTH假面骑士Specter」]
【数百年前·眼魔百年战争开始】
阿德尼斯及伊迪斯知道了丹顿继续进行本来已被禁止的强化人类研究，向他作出追究。丹顿则反驳，认为眼魂系统反过来夺去了人类的尊严，因而作出反抗，在两个系统的主张下，民众被分裂成两方，酿成了使用眼魂系统的人与强化人类间的战争。
阿德尼斯的长男阿尔戈斯于这场战争中，遭暗杀者下手身负重伤，然后病死。伊迪斯则暗自将阿尔戈斯的资料保存于眼魂之中。[小说&V-CINEMA]
【数百年前·眼魔百年战争中期】
在丹顿的研究有所进展下，诞生出强化人类『里昂』及『米昂』。他们就是后来的『诚』及『花音』。[小说&V-CINEMA]
【数百年前·眼魔百年战争后期】
乘着战争中的混乱，悟代将幼小的诚及花音带走。他们以肉身直接穿过石碑的传送门，在同时超越了时间及地点之下抵达了人类世界。
丹顿对单纯为了人类的愿望，结果让众多的同胞失去生命而感到悲叹。他将仅余的一名强化人类克洛伊藏匿于研究所，与阿德尼斯等人展开决战。面对拥有不死身体的丹顿，伟大之眼使用了它的力量，将丹顿放逐至宇宙空间。战争虽然结束了，但因为继亚莉丝亚后再失去了阿尔戈斯，阿德尼斯心里开始祈求一个不会再次发生争斗的世界，从而产生出不需要心灵及感情的思想，完成了对保存于密封舱内的人们作出控制，由一部分的人类管理系统的世界。阿德尼斯为防止世界进一步变革，于是将世界与伟大之眼的连接遮断，并运用伊迪斯所构建的护魔者，作为伟大之眼的障壁。自此诞生出没有人会死，没有斗争出现的完美世界。[小说]
【眼魔百年战争完结数百年后】
眼魂系统出现了会使被保存肉体消失的臭虫，伊迪斯等人为查明原因而出动。调查成员中还包括了伊戈尔。调查的结果显示了眼魂系统出现臭虫的原因，是因为系统抽出了过多的生物能量。要消除臭虫便要借助伟大之眼的力量，但由于作为障壁的护魔者经已启动，伊迪斯无法与伟大之眼接触，因此感到绝望。[小说&TV版]
【一九五五年=六十年前】
亚兰奉阿德尼斯之命，首次从眼魔世界抵达人类世界。
与年幼的福嶋文（十岁）相遇。[「亚兰英雄传」]
随着亚兰的来访，大天空寺的石碑产生共鸣。当时的大天空寺住持开始进行调查。[小说]
【一九六五年=五十年前】
亚兰再度由眼魔世界抵达人类世界。
他对继续争斗的人类感到空虚。他再度与福嶋文（二十岁）相遇。[「亚兰英雄传」]
大天空寺的石碑再次产生共鸣，年幼的天空寺龙目击到当时的情况。
知道了眼魂系统出现臭虫的阿戴尔，企图以外部世界人类的生物能量维持系统运作，向阿德尼斯提出要调查另外的世界及作出救赎，借着这些门面的理由对传送门另一方的人类世界，秘密地展开调査及密谋侵略。[小说]
【一九七四年=四十一年前】
石碑守护者的末裔天空寺龙（十八岁），独自对石碑进行研究。
天空寺龙接触了于同一大学学习物理的五十岚健次郎（二十一岁），并成为了龙的协力者。[小说&TV版]
【一九七九年=三十六年前】
龙与五十岚于大天空寺地下完成了研究所。[小说&TV版]
【一九九三年=二十二年前】
考古学者·西园寺主税为寻找日本石碑传承之源头，到访大天空寺。
他对大天空寺地下正进行的研究深感兴趣，并与龙及五十岚接触，成为了协力者之一。[小说&TV版]
【一九九七年=十八年前】
天空寺尊诞生。母亲、天空寺百合死亡。[小说&TV版]
【一九九九年=十六年前】
穿过石碑传送门的悟代、诚（四岁）及花音（一岁）到达了人类世界。
天空寺龙教导悟代三人于人类世界上的生活。悟代于人类世界娶了深海奈绪子为妻，并易名为「深海大悟」，与诚及花音开始一起生活。[小说]
【二零零二年=十三年前】
深海奈绪子死亡。[小说]
【二零零四年=十一年前】
伊迪斯与龙相会，因被龙打败的一事而得到救赎。深海大悟与伊迪斯再次于人类世界相遇，但他却将诚及花音的事情隐瞒。[小说&TV版]
【二零零五年=十年前】
为对抗十年后眼魔世界对人类世界这无可退避的侵略，伊迪斯以「仙人」的名义，协助天空寺龙、五十岚健次郎及西园寺主税三人。在选好了十五名英雄后，开始了遗物收集及与英雄的灵魂接触。龙决定将一颗空白眼魂送给十年后的儿子。
伊戈尔与连系上眼魔世界的西园寺相会。[小说&「亚兰英雄传」]
离开了诚及花音身边的大悟，虽然在阿戴尔出手之下失去性命，但得到伊迪斯协助，将他的灵魂放进了Specter眼魂中，并将他的分身送往眼魂岛。其后他与伊迪斯再会时，透过对方所给予的阿尔戈斯眼魂再次启动，并以Dark Ghost的身份再度活动。[小说&「剧场版假面骑士Ghost 100个眼魂与Ghost命运的瞬间」]
伊戈尔知道了大天空寺的存在，与西园寺接触。作为协助西园寺收集英雄眼魂的回报，伊戈尔要求他供应活生生的人类样本。于是西园寺背叛了龙，借着佯装发生实验意外，将诚及花音送往眼魔世界。[小说&TV版]
由阿戴尔主导对人类世界的侵略准备开始，龙在阿戴尔的手下丧命（享年四十九岁）。这时他将宫本武藏的刀锷作为遗物交托给尊。
大天空寺的地下研究所亦被破坏，英雄遗物被西园寺所夺去。[小说&TV
版]
二零一五年
【第一话】尊的生命期限：九十九日（二零一五年十月四日）~九十八日
天空寺尊，于二零一五年十月四日迎接十八岁的生日。
他因接触到亡父·天空寺龙所赠的空白眼魂，而能够看得见眼魔。
然而他就在那眼魔之手下丧失生命。天空寺尊，享年十八岁。
死后仙人给予他Ghost驱动器，并给予其99天内复活之限。之后他以「假面骑士Ghost」的身份，开始与月村明理及同门师兄御成一同行动。
尊透过他所持有的宫本武藏刀锷诞生出武藏幽灵眼魂。
【第二话-第三话/假面骑士DRIVE第四十八话】尊的生命期限：九十八日~八十九日
透过园田义则所拥有的「灯泡」，使爱迪生幽灵眼魂诞生。
透过白濑真理从豪宅所偷走的「弓箭」，使罗宾幽灵眼汉魂诞生。
泊进之介给予了由NEO SHADE所持有的牛顿幽灵眼魂。
【第四话】尊的生命期限：八十八日~八十七日
透过羽柴信良所拥有的「书函」使信长幽灵眼魂诞生。
假面骑士Specter突然现身于尊面前，并夺走了信长幽灵眼魂。
【第五话】尊的生命期限：八十七日
假面骑士Ghost被假面骑士Specter打败，并被夺走爱迪生的幽灵眼魂。尊在压倒性的败北下陷入恐怖的迷惘中。
【第六话】尊的生命期限：五十七日~四十四日
诚将他从尊身上夺走的爱迪生幽灵眼魂交给亚兰保管。
透过君岛康介所拥有的「乐谱」让贝多芬幽灵眼魂诞生。
尊再次从明理的话中，体会到要对自己抱有信心的重要性。
【第七话-第八话】尊的生命期限：四十四日~二十七日
西园寺以独自的手段使比利小子的眼魂诞生，得到了比利小子幽灵眼魂。
明理、御成利用蜘蛛灯的力量，从西园寺手上夺走了比利小子幽灵眼魂。
尊知道了假面骑士Specter的真正身分，就是他昔日的童年好友·深海诚。
【假面骑士X假面骑士Ghost&Drive 超MOVIE GENESIS】
尊为了调查超常现象再次与泊进之介相会。
在虫洞的力量下，尊及进之介被送到十年前的时代。
于十年前的世界中，尊与进之介意图阻止父亲·龙的死亡，但龙却因为挡下了自达芬奇眼魔向尊所射出的魔弹而失去生命（在虫洞打开下驱使了另一个过去发生，使龙的死亡方式不同）。
透过龙的力量尊及进之介返回现代，再度与达芬奇眼魔对决，并获得胜利。
【第九话】尊的生命期限：二十七日~二十六日
透过五十岚健次郎所拥有的「扇子」使弁庆幽灵眼魂诞生。
尊知道了诚的目的，就是要使被囚于眼魂内的妹妹花音死而复生。
【第十话-第十一话】尊的生命期限：二十六日~二十二日
西园寺集齐十五个英雄幽灵眼魂，召唤出伟大之眼，并许愿「希望得到支配所有东西的力量」，但因为资格未够而无法实现，身体被粒子化后被石碑所吸收。
尊向伟大之眼许愿让花音死而复生。
十五个英雄幽灵眼魂扩散开去，再次各散东西。
御成获得五右卫门幽灵眼魂。
尊与诚击退了变身成上级眼魔的谢贝尔。
【一休眼魂争夺！以机智决胜负！！/一休入魂！觉醒吧，我机智力量！！】
尊与眼魔在钝智对决中胜出，获得一休幽灵眼魂。
尊与诚等人为了能纯熟使用一休幽灵眼魂而展开特训。
尊与诚各自变身成一休魂及毕达哥拉斯魂，打倒了眼魔。
二零一六年
【第十二话】尊的生命期限：零日（二零一六年一月十日）—九十九日
在同伴们积极奋斗但徒劳无功下，尊的生命终于到达了九十九日的期限。
尊被消灭后与父亲·龙再会，得到了斗魂Boost幽灵眼魂，并返回现世。
尊再度获得99日的期限，并在龙托附「将英雄的心灵联系一起，并引导未来」这个新使命下再次收集十五个英雄幽灵眼魂。
【第十三话-第十四话】尊的生命期限：九十九日~九十四日
尊与身体被龙马幽灵眼魂依附的田村长正相遇，透过连结父子的「萨长同盟」，变得能与龙马幽灵心灵相通。
【第十五话】尊的生命期限：九十四日~八十六日
诚在通过胡迪尼所赋予的试练下，首次能够使用胡迪尼幽灵眼魂，再度将谢贝尔击破。尊变成能够与武藏幽灵心灵相通。
【第十六话】尊的生命期限：八十六日~八十日
亚兰从眼魂世界带走了NECROM GHOST眼魂及润眼手环，并以假面骑士NECROM的身份于尊和诚面前出现。
尊变得能与罗宾汉幽灵心灵相通。
【第十七话-第十八话】尊的生命期限：八十日~七十三日
被卑弥呼幽灵眼魂附身的日野美和子造访大天空寺，牛顿幽灵眼魂因为难以与卑弥呼共处而离家出走。
伊戈尔从眼魔世界来袭，开始藏身于人类世界秘密活动。
亚兰强行令诚变身成假面骑士Necrom Specter。
尊赶至明理及御成与伊戈尔战斗的现场，并与卑弥呼幽灵心灵相通。
尊与花音看见被亚兰所操纵的诚感到惊愕。
尊了解到牛顿与卑弥呼间之关系，开始能够与牛顿幽灵心灵相通。
【第十九话-第二十话】尊的生命期限：七十三日~七十日
尊与画材眼魔相通，首次打算与眼魔成为朋友。
尊与信长幽灵及图坦卡蒙幽灵一起使诚从Necrom的咒缚中解放。尊能与弁庆幽灵心灵相通。
【假面骑士1号/传说！骑士之魂！】
尊与传说的假面骑士1号·本乡猛一起，对抗修卡及新星修卡。
在战斗最白热化之时，本乡猛丧失了性命，但燃烧着他肉体的火炎再次附在他的灵魂上，并且在立花麻由的魂之呼唤下，再次复活。
假面骑士1号与地狱大使一同透过亚历山大眼魂，将失控的新星修卡怪人鸟鲁加击破。
受到神秘少女·弗雷雅的委托，尊与诚开始了假面骑士眼魂的搜集。
在他们承继着假面骑士眼魂的力量下，将狙击弗雷及弗雷雅的斯巴鲁巴击破。
在尊及诚搜集的六个假面骑士眼魂，及弗雷雅所拥有的十个眼魂下，诞生出假面骑士45幽灵眼魂。
暗黑意志透过亚历山大眼魂的力量，使新星修卡复活。
通过假面骑士45幽灵眼魂的力量，尊成为了假面骑士1号魂及平成魂，将新星修卡及暗黑意志打倒。
【第二十一话】尊的生命期限：六十九日
诚为了与阿戴尔等人作出了结，暂时返回了眼魔世界。
尊接受了爱迪生的提议，借助成为了同伴，并通过改名为乔比的画材眼魔的力量前往眼魔世界。尊能与爱迪生幽灵心灵相通。
【第二十二话】尊的生命期限：六十九日
尊闯进了眼魔世界，目睹被保管于密封舱的人体，以及其生命于眼前消失下，感到恐慌。
阿戴尔破坏了阿德尼斯的眼魂并将他禁锢。之后自称为大帝，并将暗杀阿德尼斯的罪名转嫁于亚兰身上。
亚兰因眼魂被阿戴尔破坏，处于血肉之躯的状态。
他与尊及诚一起逃离眼魔世界，避过追兵后前往人类世界避难。
【第二十三话】尊的生命期限：六十九日~六十五日
谢贝尔从阿戴尔手上得到终极眼魔的眼魂，以血肉之驱的状态侵略人类世界。
尊身陷恐怖的绝境，打算借助伟大之眼的力量将眼魔世界与人类世界断绝，但反被一众英雄所唾弃。
为从变身成眼魔终极战士的谢贝尔手上救出受了伤的亚兰，诚的眼魂被破坏。
尊目睹诚于眼前被消灭，在感受到诚「将生命连系未来」的意志下恢复坚强决心，再次借助一众英雄的力量，并以从眼魔世界带回来的眼魂驱动器G变身成假面骑士GHOST感恩魂。
之后他击破了经十五个护魔者力量强化的火炎终极眼魔。
【第二十四话】尊的生命期限：六十五日~六十三日
五右卫门幽灵眼魂进入了御成的身体内。
尊与兽王鹰一起将修卡的箭猪怪人击破。
尊救助被眼魔袭击的亚兰。尊能与五右卫门幽灵心灵相通。
【第二十五话-第二十六话】尊的生命期限：六十三日~六十一日
Deep Connect公司在伊戈尔的暗中活跃下，发表了迪米亚Project。
在伊戈尔的指示下，透过飞机眼魔的能力开始将天空，染成与眼魔世界同样的红色。
在红色天空影响下，花音与亚兰的病情恶化。
在明理的研究下完成了中和剂，避免了红色天空的侵食。
透过战斗，尊及亚兰对对方的理解变得更深入。他们为了各自的目的，再次前往眼魔世界。
【第二十七话-第二十八话】尊的生命期限：六十一日~六十日
尊及亚兰于眼魔世界与阿德尼斯相遇。
阿戴尔成功联系到十五个护魔者并得到力量。
御成救助了于人类世界中处于血肉之驱状态的谢贝尔。
诚成功取回血肉之躯，并从伊迪斯手上取得Deep Specter幽灵眼魂。
阿戴尔派遣上级眼魔向亚兰攻击，阿德尼斯因保护亚兰而丧命。
尊、诚、亚兰从眼魔世界返回了人类世界。
诚使用伊迪斯交给他的Deep Specter幽灵眼魂，变身成假面骑士Deep Specter，并将火焰护魔者击破。
尊开始能窥见他接触的人所拥有的记忆。
乔比与音符眼魔一同离开踏上旅途。
【第二十九话-第三十话】尊的生命期限：五十七日~五十五日
胡迪尼幽灵的眼魂跑进了白井有希的身体内。
福嶋文死亡。
亚兰克服了悲痛，下定决心要将眼魔世界变成与人类世界同样美好。
尊能与胡迪尼幽灵心灵相通。
【第三十一话-第三十二话】尊的生命期限：四十五日~四十四日
在亚兰的提议下，自大天空寺开始破坏连接人类世界与眼魔世界的传送门。尊从五十岚口中得悉十年前的真相。
尊能与图坦卡蒙幽灵心灵相通。
【第三十三话-第三十五话】尊的生命期限：四十四日~三十六日
尊诞生出无限幽灵眼魂，变身成假面骑士Ghost无限魂。尊能与格林兄弟幽灵心灵相通。
【第三十六话-第三十七话】尊的生命期限：二十五日~二十四日
于诚的面前出现了一个外貌非常相似的「另一个诚」。
亚兰经过三藏幽灵所赋予的修练后，学到了新的力量（猴子·猪·河童）。
亚兰与谢贝尔战斗，分出了胜负。
尊能与三藏幽灵心灵相通。
【第三十八话】尊的生命期限：二十一日
尊下定决心要将伟人的力量进一步提升，再次建立一起战斗的意志。
阿戴尔决心与护魔者同化，成为了完美护魔者。
【第三十九话-第四十话】尊的生命期限：二十日
比利小子的眼魂进入了花音的身体之中。
尊能与比利小子幽灵心灵相通。
【第四十一话-第四十二话】尊的生命期限：十九日~十八日
贝多芬幽灵的眼魂进入了明理的身体之中。
尊能与贝多芬幽灵心灵相通。
仙人（伊迪斯）将所有事情向尊等人和盘托出，誓言为了人类与眼魔两个世界而战斗。
【剧场版 假面骑士Ghost 100个眼魂与Ghost命运的瞬间】
阿尔戈斯为诞生出终极眼魂，开始了搜集一百个英雄眼魂的行动。
尊、诚、亚兰因与假面骑士Dark Ghost等人战斗，来到了英雄实体化并居住在上的眼魂之岛。
明理、御成、花音亦在追随着尊等人的行踪下，前往眼魂之岛。
阿尔戈斯率领着Dark Necrom亲卫队开始了英雄狩猎。
诚与父亲·深海大悟再度相遇。
阿尔戈斯得到了达尔文的眼魂。
大悟在与Dark Ghost的战斗中丧命。
尊为了与阿尔戈斯决一胜负，连同同伴及一众英雄前往至高塔。
阿尔戈斯使用一百个英雄眼魂以及尊的肉体，完成了究极的眼魂。
在变身成假面骑士Extremer的阿尔戈斯的力量下，全世界的人类被强制变成了幽灵。
在身体依附了同伴及英雄的力量下，尊将自己的肉体连同Extremer击破。
在失去八十五名英雄的灵魂下，让尊的灵魂得以苏醒。
尊与十五个英雄眼魂一起，返回了同伴的身边。
【第四十三话-第四十四话】尊的生命期限：五日
阿戴尔拾弃了分身返回血肉之躯，并成功与伟大之眼联系。
伊戈尔利用迪米亚系统，将人类的灵魂抽出变成眼魂。
御成的眼魂进入亚兰的体内。
【第四十五话-第四十六话】尊的生命期限：四日~三日
在战斗白热化阶段，尊与阿戴尔的意识及记忆连结在一起。
尊与伟大之眼的化身·弗雷及弗雷雅相遇。
尊在武藏幽灵眼魂的深层领域中，与宫本武藏达成了堂堂正正的决斗，从而学得听到声音的极意。
返回现世的尊与诚及亚兰一起，开始了与所有护魔者的全力决战。
【第四十七话-第四十九话】尊的生命期限：三日~一日
尊知道了阿戴尔正是杀死自己父亲的凶手。
阿戴尔被护魔者强行占据而被消灭。
击退了伟大护魔者的尊，凭着伟大之眼的力量成功死而复生。
【第五十话】
尊与同伴们庆祝纪念复活的生日。
神秘少年·步现身于尊等人面前。
亚兰、诚及花音为了重建眼魔世界，离开了大天空寺。
于同一时间，假面骑士Ex-Aid及假面骑士Genm于尊等人面前现身。
【假面骑士Ghost Final Stage】
伊迪斯举办了为分出谁是最强英雄的『天下第一英雄武道会』。
伊迪斯准备了使用期间限定的Ghost驱动器，因此朱里及御成等人亦可变身成假面骑士进行比赛。
同时为打倒天空寺尊，从而抹杀其儿子天空寺步而存在的迪米亚从未来世界来到现在，而步亦为了阻止迪米亚的行动，与机械游流仙来到现在的世界。
在未来的世界里，迪米亚因迪米亚Project所残留的数据而获得了自我，步因为要阻止迪米亚支配世界，所以变身成假面骑士Ghost继续战斗。
迪米亚从诚手上夺走了Deep Specter眼魂并收进系统之中，使它变成了伟大迪米亚的外貌。
从近藤勇的刀虎彻诞生出新选组幽灵眼魂，在变身成假面骑士Ghost新选组魂下，将伟大迪米亚追至绝路。
其后伟大迪米亚虽然变成了伟大护魔者的外貌，但在暂时苏醒的龙、尊及步三人合力下将它击退。步与机械游流仙亦返回至未来世界。
（八个月后）
【假面骑士平成世代 Dr.吃豆人对Ex-Aid&Ghost with传说骑士】
与假面骑士Ex-Aid（宝生永梦）再度相遇的尊，遇上了围绕着吃豆人病毒所发生的事件，于是他与Ex-Aid一同战斗。此外他还与正在调查今次事件的泊进之介再度相遇。
（一年后）
【真相！英雄眼魂的秘密！】
西园寺于眼魔世界以空白眼魂作为据点成功复活，为能再度与伟大之眼接触而开始行动。
受到亚兰的招待，尊、明理、御成到访了眼魔世界。
尊在眼魔世界再度遇上西园寺，得知父亲对英雄幽灵眼魂所附托的意志。
受到伟大之眼消失消息的冲击，西园寺极为气愤，从而召唤出达芬奇的眼魔。
将失控的达芬奇眼魔解放后，自蒙娜丽莎的画像中诞生出达芬奇幽灵眼魂。
西园寺在感受到龙的意志下，离开了尊等一众人。
（两年后）
【V-CINEMA】
亚兰等人透过植林等踏实的方法努力下，令红色的天空稀薄了不少，此外在明理及伊戈尔的协力下，正进行大气改造装置的开发。
在流星群的冲击下，于宇宙漂流的宇宙牢狱坠落于眼魔世界之上。
从中出现的丹顿再次与诚相会，并透露了他是诚的真正父亲。
丹顿将处于冷冻睡眼状态的克洛伊复活，并进行演说，告诉众人改造大气是白费的，只有肉体改造才能得到未来。
诚被丹顿所说的话打动了心灵，开始与亚兰对立。
在亚兰抱着对诚所拥有的强烈友情下，使Necrom幽灵眼魂变化成友情爆发幽灵眼魂。
虽然他以假面骑士Necrom友情爆发魂令Deep Specter陷入困境，但却因吃了对方一记突袭而被打倒。
另一方面，丹顿知道了花音因为红色天空的影响，会经一度死亡，因此将她视为失败作打算将她葬送。看见这情况的西园寺因出手保护花音而死亡。
诚决意背负着所有罪恶而生存，使Sin Specter幽灵眼魂诞生，让他成为了假面骑士Sin Specter，将成为了超进化体的丹顿击破。
在丹顿动手脚下，大气改造装置被改装
成加强红色天空带来的影响。但在御成等人大展身手下将它变回正常运作。最终红色天空消失，眼魔世界再次被蓝天所包围。
失去作为父亲的丹顿后，克洛伊感受到她再没有生存的意义。
尊则告诉克洛伊，要为了自己而生存下去。
在为福嶋文进行第三次忌日拜祭时，尊等人再次集合在一起。[小说]