学院都市新学期的第一天。
这一天，上条当麻所在的学校出现了“迷之转学生”，茵蒂克丝第一次交到“朋友”，御坂美琴与茵蒂克丝初次会面，夹在两人中间、左右为难的上条当麻，与往常一样不幸，还有由始至终旁观的白井黑子对于上条的嫉妒……然后，魔法师向学院都市袭来！
“迷之转学生”，“朋友”，魔法师。
在《特别警戒宣言》之下的学院都市，科学与魔法交叉之时，上条当麻的故事开始了——！
序章舞台内的表面
学院都市中有座没有窗户的大楼。
门、窗户、走廊、楼梯都没有，作为建筑物来讲，不具备任何机能性的大楼。要是不使用大能力（Level4）中的一种“空间移动”（teleport），连出入都做不到的这间密室的中心，放置着一个巨大的圆柱玻璃容器。直径4公尺，全长10公尺的超强化玻璃制成的圆柱体中装满了红色液体，宽阔的房间四周的墙壁，全部被仪器填满，从那里延伸出来的数十万缆线与软管爬过地板，连接着中央的圆柱。
没有窗户的这个房间一直都被黑暗笼罩。只是，远远环绕着圆柱的仪器的指示灯与荧幕的光，简直如同夜空的星星一般闪烁着。
装满红色液体的圆柱中，倒浮着一个身穿绿色手术衣的人类。
学院都市统括理事长，“人类”亚雷斯塔。
看起来既像男性又像女性，既像大人又像小孩，既像圣人又像囚犯。这个“人类”自身的生命活动全部托付给机械，估算得到的寿命超过1700年，包含大脑在内全身大致接近于假死状态，大半的思考也是靠机械来辅助。
（……，那么，差不多该到了吧。）
亚雷斯塔如此思考的瞬间。仿佛在配合着这个时机，圆柱的正面出现了两道人影。其中一人是身材娇小，具备“空间移动”能力的少女。然后另一个是就像陪同女友那样牵着她手的高大男子。
空间移动能力者依旧一言不发，点了点头，便再度消失在虚空中。
黑暗之中只剩下高大的男子。
这是名留着桀骜不驯的尖短金发，视线隐藏在蓝色墨镜下的少年。夏威夷衬衫搭配着短裤，做着与这个场合不相称的打扮。
土御门元春，是泄露英国清教情报的学院都市一方的手下。
“警备过于天真了。是在做游戏吗？”
身为间谍的土御门，用急噪的语气向着他的雇主亚雷斯塔说道。虽然是间谍，可土御门并不是从属亚雷斯塔的部下。
土御门像甩开了声调，知道他平时样子的人，或许会吃惊的蜷起身子吧。对毫不掩饰自己不满的土御门，亚雷斯塔淡淡一笑。
“没关系。侵入者的位置这边也能追踪。这个不需要用手操作，只要改变若干根式，将方案二零八二到二三七七缩短就能——”
“事先声明。”
土御门像要阻止他一般的说道。“磅”的一声，将手中的报告按到了圆柱体的玻璃上。用夹子固定住的偷拍的相片上面，描绘着女性入侵者的样子。
年龄在二十岁后半段，金发，混合了别国血统的褐色皮肤，具备上述特征的女性。不过，头发不知是不是懒得梳理，就像劣质的演戏用的假发，毛发杂乱的四处翘着。背影看上去像狮子一样。服装是边缘点缀着白色蕾丝的漆黑礼服，歌德式萝莉风格。但可以看出礼服的衣料已经磨损，并且绽线的蕾丝色彩暗淡。没有装饰，是平时穿着奢华服装的证据。“雪莉·库洛姆威尔”，这家伙不是流浪的魔法师，是英国清教‘必要之恶教会’的人，和奥雷欧斯（第２卷的炼金术师）那时一样是内部纠纷。”（不确定，原文是“アウレオルスの時のようにはいかないそ”）
土御门焦躁的样子，简直就像勉强的去戒烟一般。
“英国清教也是由人设立的组织，并不是团结的像磐石一般。不，在构成的特性方面，即使在十字教之中，那样分歧复杂的国教也是绝无仅有的，这些你不是也清楚吗？”
“爱戴邻居的人，同伴之间却彼此不和，相当绝妙的工作单位呀。”（原文“隣人を愛する者”，感觉“对邻居有爱的人”这种恶搞的翻法也不错。）
“真受不了。”土御门叹了口气。“不过，因为英国清教也存在各式各样的派系和想法。并不只限于所谓的学院都市协力派。其中还有想把全世界作为英国殖民地、将所有国旗的图案统一的家伙存在的情形。即使你和我们这边的公主已经缔结了『协定』，也不知道能管用到什么程度。”
甚至连英国清教与学院都市的最高层们定下的『协定』，也有人对其抱持疑问的态度。作为知识宝库的茵蒂克丝在学院都市内部的事情，已经孕育着泄露情报的危险，这一点不会有错。
当然，所谓的『必要恶之协会』编外的『骑士团』，实际上对茵蒂克丝安全脱离的事，仍认为是没有抓到而已。
话虽如此，现阶段就连『骑士团』之中也有将十字军时代的侵略精神原封不动的继承下来的派系之类，把学院都市视作危险。假如没有土御门擅长的情报操作，也许不久会兴起学院都市的讨伐运动。