这个世界，没有神在。
只存在着怪兽，以及操控怪兽的、名为『怪兽操控者』的异端存在。
在五千年前死去，又于现代复活的怪兽操控者——怪兽优生思想，为了创造出一个属于怪兽的世界而开始活动。他们操控怪兽，破坏城市。
可是同样身为怪兽操控者的青年失马，为了阻止过去的同胞们在暗中采取的活动，启动了重要之人托付给他的巨大机器人【霸王杰农】。
就读于不如归台高中的普通的高一男生，麻中蓬。
蓬的同班同学，和男生们约好见面后却放他们鸽子——重复做着这种行为的有着神秘氛围感的少女，南梦芽。
没有工作的33岁男性，山中历。
失马和这三个遭遇了坎坷命运的人们一起驾驶霸王杰农，击破怪兽。
然后，再加上历的表妹，同伴意识很强的初中女生·飞鸟川千濑，他们五人以『失马队』（这个名字是千濑提议的）的名义，过着与怪兽战斗着的日子。
失马队的大家一同外出玩耍。产生不和，然后又和好。
霸王杰农承载着这些不争强好胜而又朴实，弱小而又强大的人类们的心，持续地战斗下去。
但在这期间，只有怪兽的活动产生了激化。
不久后，在越来越激烈的战斗中，拥有着过去曾与古立特一起战斗的人所相同姿态的紫色超人·网路骑士出现在了蓬等人的世界。
能变身成网路骑士、自称骑士(Knight)的青年，以及与他一起活动的二代，两人组成了『网路骑士同盟』。
再接着，从千濑的情感波动中诞生的怪兽·炽焰金龙(Gold Burn)也加入了队伍，失马队将怪兽优生思想所操控的怪兽一个接着一个地击退。
但是，对于因违背了世间常理的怪兽之力所复活、持续生活着的失马而言，打倒怪兽并且拒绝与怪兽相连接的行为，就等同于在削减着他剩余的生命。
怪兽优生思想的沉将自身体内隐藏着的最强怪兽【加裘拉(Gagula)】解放而出，而为了阻止他，失马用尽自己最后的力量，乘上了霸王杰农。
霸王杰农、网路骑士、炽焰金龙将各自的决心汇聚在心中。
他们与吸收了四位怪兽优生思想、力量增强的加裘拉展开了极其激烈的战斗。
最后，觉醒了怪兽操控者资质的蓬成为了逆转的开端，失马等人击败了怪兽加裘拉。
所有的怪兽都从这个世界上消失了。
蓬在一瞬间与沉意识相连，展开了最后的对话。
「只要拥有怪兽的力量，便可以从时间、空间，甚至生死轮回中得以解放。明明你还差一点就能够获得至高无上的自由……你对此不感到后悔吗？」
「我，还是不明白。我想在今后，伴随着一次又一次的喜怒哀乐，伴随着一次又一次的悲欢离合活下去——」
直到最后两人也绝对不会相互理解，所有的怪兽操控者也就这么地从世界上消失了。
是的——当蓬他们从完成使命的霸王杰农上降落时，那里却没有了本该出现的那个人的身影。
也许可能成为特别存在的少年，拒绝了名为自由的特别。
他选择了无可代替的不自由，牵起了那位对他来说十分重要的少女(人)的手，回到了属于他的日常生活中。
回到了连同那位把自己带入非日常的青年在内，一切的异端都消失的世界中——。