山呼海嘯的萬歲聲，在皇宮中響起。
趙銘領着羣臣，拜賀朱由榔後，遂即爲朱由榔換上皇帝衣冠，擁着朱由榔來到朱以海軟禁之處。
這時，朱以海已經聽見了那聲勢滔天的萬歲之聲，心中不禁萬分悲憤，但事已至此，唯有自覺脫下皇帝衣冠。
到了這一步，只能先活下去，人活着纔有機會，死了就什麼都沒有了。
這時，趙銘領着衆臣，簇擁着朱由榔來到寢宮外，跪拜於地。
殿門打開，朱以海從中走出來，看着不久前還臣服於他腳下的臣子們，心中五味雜陳，沒奈何，他只得按着趙銘的心意，朗聲說道：“皇帝乃神宗子孫，今日神器歸於正統，必使天下安寧，紳民歸附，中興大明。”
趙銘見此，遂即使了個眼色，王大拿遂即上前，將玉璽交給朱以海。
朱以海接過玉璽，走下臺階，將玉璽遞給朱由榔，自此朱由榔成爲新帝，而朱以海則退位成爲太上皇。
此時，帝位交接當着百官的面完成，趙銘立時再次領着文武行禮，山呼萬歲。
朱以海在萬歲聲中神情寂落，待禮畢，他不問朱由榔，而對趙銘道：“新帝即位，漢王打算怎麼處置我這個上皇？”
趙銘正色道：“新帝即位，太上不宜居於宮中，還請太上皇暫時移居內郭朝天宮，朝廷會盡快爲太上皇修建宮殿，以便太上皇安享晚年！”
“安享晚年？”朱以海嘲諷笑道：“那就都聽漢王安排！”
趙銘板着臉道：“這是大臣商議的結果，也是慣例，臣豈敢擅自做主！”
朱以海素有威望，趙銘確實還沒想好，將他安置何處。
在南京，有這麼個太上皇在，趙銘覺得彆扭，放在外面，趙銘有不太放心朱以海。
趙銘現在控制之地，江浙一帶，朱以海威望太高，不太適合。閩粵之地距離太遠，且剛剛佔據，不便控制，流放海外，又會遭人抨擊，確係一個難題。
眼下只能先軟禁於朝天宮，等穩定朝局後，趙銘再做安排。
當下，趙銘一行人，又擁着朱由榔返回奉天殿，商議年號，以及拜祭宗廟等事宜，而朱以海則乘坐馬車，黯然離開居住了兩年的皇宮。
馬車從駛出宮城，途徑玄水橋時，便見一隊士卒，押着一羣江北軍將校，擡着一副擔架，從旁邊經過。
“等等！”朱以海掀起車簾，忽然出聲道。
漢軍將士一時間，還沒有習慣朱以海的新身份，潛意識的便停了下來。
朱以海挑簾下車，被俘的阮進等人見此，頓時失聲大哭，紛紛跪下，“陛下！”
朱以海看着他們，忽然微笑道：“活着就好，活着就好！”遂即又自嘲道：“現在不是什麼陛下了，而是太上皇～寡人對不住你們啊！”
“陛下～”衆人痛哭流涕。
朱以海掃視一眼，忽然問道：“張愛卿呢？”
阮進淚糊滿面，“大帥～大帥他～自刎了～”
朱以海一愣，眼淚奪眶而出，“寡人害了他啊！”
這時，漢軍士卒卻開始驅趕，阮進等人離開，朱以海只能重新乘坐馬車，繼續前行。
天亮時，朱由榔以大明新帝的身份，拜祭了宗廟。
然後百官於奉天殿商議，不過說事是商議，其實都是趙銘做主。
中午時分，衆議後，遂決定改年號爲永曆，以建武三年，爲永曆元年。
趙銘考慮過，要用其它年號，自己也想了幾個，諸如“統攝”“同治”之類，但是意圖太過明顯，所以還是用了“永曆”這個年號。
上午商議既定，下午，新出爐的永厲朝廷，便佈告天下，傳旨各省，言明朱由榔登基，尊朱以海爲太上皇，大赦天下。
這些緊要的事情忙完，餓了一天的朱由榔，還有羣臣，才各回各家。
在朱由榔和羣臣休息時，漢王趙銘卻不得清閒，需要處理善後事宜。
南京城，漢王臨時行轅內，漢國文武齊聚一堂，趙銘高坐於王位上。
“大王，城內江北軍，稀數被控制，城靈谷寺的敵軍，也已經投降！這些降軍，怎麼處理！”張家玉行禮道。
兩萬多江北軍，不是一個小數目，留在南京是一個隱患，整編爲漢軍，趙銘又不太放心。
趙銘沉吟片刻道：“在遼東爲孤效過力的收編，其餘士卒遣散，勒令回鄉務農，將領流放海外！”
“張名振於靈谷寺自刎而亡，該如何處理其屍首！”張家玉又問道。
趙銘皺起眉頭，心中微動，“死呢？”
一時間，趙銘不禁回憶起過往，他曾經還效命於張名振麾下，聽說張名振死了，趙銘內心深處，不禁有些難過。
不過，趙銘遂即卻冷聲道：“張名振乃是靈谷寺之變惡首！雖死不能免其罪，屍首暫且示衆，待朝廷論罪，削去爵位後，在以庶人安葬！”
張名振畢竟不自殺，趙銘也會以謀反罪名，定其死罪。
南京之變，必須要有一個替罪羊，也只能是張名振。
“喏！”張家玉躬身行禮，並不在這件事情上多說。
既然說道這裡，趙銘遂即說道：“首惡自刎，脅從不能因此放過。黃卿，稍後朝廷會對靈谷寺之變，進行追查，孤爲舉薦你來主持此時。對與參與謀害孤王，意圖謀反之人，該殺的殺，該貶官的貶官，該流放的流放，不可手下留情！”
說是追查謀反，其實就是肅清朝中朱以海的黨羽，黃宗羲已經記下名單，當即行禮道：“臣明白！”
當下，趙銘又吩咐諸多事情，並連夜給堵胤錫、鄭成功、金聲桓等人寫信，解釋靈谷寺之變，以及朱由榔登基之事，並保證之前議和條件不變，等南京朝廷穩定下來，就給他們落實。
雖說看朱由榔之名，再看忠貞朱由校之名，就知道朱由榔確實是大明法定繼承人，但是趙銘的手段，能瞞過普通百姓和士卒，卻瞞不過聰明人。
爲了保證新帝登基後，政權的穩定，趙銘不希望大明又出動亂，影響南京朝廷的權威，所以先裝孫子，安撫各鎮，等政權穩定，將諸事理順，再來收拾他們。
忙完這些，以是三更，幾乎兩天沒睡的趙銘，才躺在牀上睡去。