崇禎皇帝嗣位以後、追尊生母爲孝純皇后，且東李莊妃鞠育有恩，特上妃封號，尊熹宗後張氏爲懿安皇后，立後周氏，冊田氏、袁氏爲妃；斬殺了客氏弟客光先、子侯國興、寧國公魏良卿，並親自裁奪科罪七等。首逆魏忠賢、客氏依謀反大逆律，梟首磔屍；次與首逆同謀，如崔呈秀、魏良卿、侯國興等六人，立即斬決；又次爲交結內侍，如劉志選、樑夢環、倪文煥、許顯純等十九人，均擬斬首秋後處決。
還有交結近侍次等，如魏廣微、周應秋、閻鳴泰、楊維垣等十一人，及逆孽魏志德等三十五人一併充軍；再次爲諂附擁戴，如太監李寔等十五人亦俱充軍；又有交結近侍末等，如顧秉謙、馮銓、王紹徽等一百二十八人，俱坐徒三年；最輕是交結近侍減等，如黃立極等四十四人，俱革職閒住。
不過崔呈秀回到薊州，聞這個消息，羅列姬妾，及諸般珍玩，呼酒痛飲，飲盡一巵，立將酒巵擲去，隨飲隨擲，擲碎了數十巵，乃闔戶自縊，崇禎皇帝終於沒有活着殺了崔呈秀
崇禎皇帝以黃立極、施鳳來、張瑞圖、李國潽等，身居揆席一意媚閹魏忠賢，並應斥罷；崇禎皇帝以仿古時枚卜遺典，將所薦閣臣姓名，貯入金甌，焚香肅拜，依次探取，得錢龍錫、李標來、宗道、楊景辰四人。復因天下多事，更增得周道登、劉鴻訓二人，遂並命入閣同爲大學士，又招孫承宗、韓爌入朝，崇禎一朝大有中興的氣象。
江西巡撫洪瞻祖報聞，四月十一日，南贛流寇奪天王，率衆萬人攻破安遠縣城，安遠知縣沈克封棄城，奪天王劫庫放囚，在安遠縣城建號永興元年自立爲王，這可是一個晴天霹靂，使得崇禎和朝廷官員把目光盯向了江南兩廣。
正好福建巡撫熊文燦奏章，稱海盜鄭芝龍已經答應招降，應乞加恩授職等，給事中顏繼祖上言芝龍既降，應責令報效，方可酌量授職，既然江西巡撫洪瞻祖兵馬不足，正好讓騰出手腳的建巡撫熊文燦協助洪瞻祖剿滅南贛流寇奪天王，崇禎皇帝不日就準旨，就這樣鄭芝龍搖身一變也成了朝廷官員因爲招降鄭芝龍和剿滅南贛流寇奪天王有功，朝廷升調熊文燦爲兩粵總督一職。
六月間崇禎皇帝得到了建虜蒙古兵敗的消息，崇禎皇帝頓時動了痛打落水狗的想法，於是用袁崇煥爲兵部尚書兼任右副都御史，加督師薊遼兼督登萊、天津軍務，傳袁崇煥至京城入見平臺，七月袁崇煥從遼東趕回京城。
崇禎皇帝平臺諮及平遼方略，袁崇煥上疏陳述兵事，聲稱自己可以五年復遼，朱由檢對此大加讚賞，給事中許譽卿問袁崇煥復遼的策略，袁崇煥卻說是用這種話安慰皇上，許譽卿聽了目瞪口呆。
許譽卿說道：“皇上英明，怎麼可以隨便應對。他日按照期限追求成效，你該怎麼辦。”
袁崇煥也覺得自己失言了，於是再次上奏說：“五年復遼的計劃不容易完成，陛下既然委託給臣，臣怎麼敢推辭這艱難的任務。但是五年內，戶部轉運軍餉，工部供應器械，吏部用人，兵部調兵選將，必須朝廷內外事事配合，纔能有所成功。”
皇上表示讓四部的臣按照袁崇煥的話辦，崇煥又奏稱制遼有餘杜讒不足，一出國門便成萬里，設有妒功忌能的人員便足壞事，崇禎聞言起座說道：“卿勿疑慮，朕當爲卿作主便了。”並賜尚方劍令袁崇煥便宜從事。
袁崇煥在京城慶功會友還沒有消停，他負責的地盤就出亂子，自從薊遼總督喻安性去職，兩個月沒有上官掌控薊鎮大權，七月二十日，薊門駐軍由於飢餓索餉鼓譟，焚搶火藥，經多方措處，始解散。至八月初，順天巡撫請先發欠餉三月，以安軍心，還在京城的袁崇煥急調趙率教爲薊鎮總兵官，鎮守永平、薊州，轄馬鬆、大石、曹牆八路，平息薊門索餉鼓譟風波。
還沒有等袁崇煥踹上一口氣，七月二十五日，遼寧寧遠軍中四川、湖廣兵因缺餉四個月，發生兵變，其餘十三個營起而應之，變縛巡撫畢自肅、總兵官朱梅、通判張世榮、推官蘇涵淳于譙樓上，袁崇煥被迫急急忙忙趕回遼東，八月初與兵備副使郭廣密謀籌借商民,足五萬銀子解困，誘捕其首惡張正朝、張思順，斬首十五人，平定了這次兵變。
事後巡撫關寧都察院右僉都御史畢自肅，性情剛烈憤激之下，絕食十三天之後去世；寧遠兵變時,後來的名人左良玉被撤職,後又復官至遊擊；受其牽連川軍肖參將率部逃逸，並裹挾了陝西劉國永部北走，袁崇煥急令祖大壽攔擊肖參將、劉參將於錦州一線。
肖參將、劉參將所部只有兩千人馬，多是二人從四川、陝西帶來的死黨，因爲袁崇煥借寧遠兵變趁機奪權，引發了遼東客軍大規模震盪，不甘心失去地位的肖參將、劉參將，帶着不想最後戰死在遼東的四川、陝西客軍將士譁變，他們逃跑的路線是非常危險的朝鮮邊境鴨綠江。
在松山附近肖參將、劉參將所部兩千人馬，被祖大壽、吳襄率領的八千人馬堵住了，肖參將、劉參將現在前有祖大壽的大軍阻截，後有袁崇煥派出的追兵，按說應該是在劫難逃了，這時祖大壽的妹夫吳襄出了一個餿主意。
吳襄說道：“大哥，不如派薛副參將作前鋒吧，”
祖大壽知道吳襄是想讓薛綜的人馬打頭陣，薛綜統領的這支“薛家軍”大約有三千人，薛家二房的大公子薛斌下落不明，二公子薛博也藉口傷病逃走，長房大公子薛綜掌控了全局，不過薛家二房的薛慶益還有近千死忠，最關鍵的是、薛九、薛十、薛慶益跟肖參將、劉參將走得近，說起來肖參將、劉參將這次背時還是跟薛家那個死鬼薛破虜有很大關係。
祖大壽猶豫道：“這樣不好吧。”
吳襄說道：“大哥，你看看三桂那個樣子，跟薛家沾邊的人都該死。”
說起吳三桂這個病歪歪的侄兒，現在雖然謀了一個軍職，可是肩不能扛手不能提，光靠耍嘴皮子能有多大的前途，而且妹妹一來家裡就是一把鼻子一把淚，弄得祖大壽一家人都心煩，加上自己的兄弟兒子自己也折在薛家軍手裡，祖大壽對薛家和跟薛家沾邊的人，也是恨不得食其肉喝其血呢。
祖大壽心念一轉就叫過薛綜說道：“薛將軍，現在叛賊就在前面，是你立功的時候到了，活捉肖劉二奸，本鎮保你正印參將一職。”
薛綜聽了眼皮一跳說了聲：“尊命。”就回歸本陣去了。
薛九、薛十、薛慶益聽薛綜說要大家領頭攻打肖參將、劉參將，本來薛九、薛十、薛慶益都是沒有辦法來敲敲邊鼓，沒想到祖大壽這麼缺德，讓薛家軍跟肖參將、劉參將的人馬火併，祖大壽的遼東坐收漁人之利。
薛九、薛十、薛慶益跟肖參將、劉參將這些人關係很好，這幾年大家都是互相關照，讓薛九、薛十、薛慶益這麼下得了手嘛，特別是薛慶益得肖參將、劉參將和滿桂、趙教率、茅元儀照顧，頗有感恩報德之心。
薛綜見薛九、薛十、薛慶益等人推諉，就知道薛九、薛十、薛慶益這些人重感情，不過薛綜跟肖參將、劉參將關係一般，於是*着薛慶益去打頭陣，自己跟薛九、薛十在後面壓陣，當時把薛慶益氣得不行，祖大壽要消耗自己、這薛綜王八蛋也要消耗自己，就連薛九、薛十也驚呆了，都是薛家的子弟兵，大公子啊，本是同根生相煎何太急。
薛慶益經不住薛綜一再催*，一咬牙招呼自己的一千人馬朝肖參將、劉參將的陣前走去，薛九、薛十準備率軍跟上，卻被薛綜制止住了，薛九、薛十對大公子的做法大惑不解，薛綜解釋讓薛慶益跟肖參將、劉參將消耗一些實力後，那時候出手可以手到擒來，薛綜的話把薛九、薛十驚得快絕望了。
這時的肖參將、劉參將正嚴陣以待，卻只看到遼東派了一千人馬出來挑戰，再一看原來是好朋友薛慶益的人們，肖參將、劉參將二人忍不住苦笑，這薛慶益也是一個倒黴鬼，成了遼東軍的犧牲品。
當薛慶益的人馬行進到兩百五十步時，肖參將、劉參將下令士兵們作好戰鬥準備，薛慶益的人馬到了兩百步時停了下來，接着薛慶益單人匹馬朝肖參將、劉參將兵陣走來，肖參將、劉參將二人苦笑，這薛慶益莫非還要來作說客不成。
薛慶益來到六十步距離的時候說道：“肖將軍、劉將軍，袁崇煥、祖大壽欺人太甚，薛某願意跟二位將軍並肩作戰，二位將軍願不願意收留薛某。”
肖參將、劉參將聽了頓時喜從天降，立刻大聲說願意跟薛慶益兵合一處將打一家，薛慶益得了肖參將、劉參將的準信，舉起手中的長槍猛的搖了三搖，一千薛家軍士兵發出內心的歡呼，涌向肖參將、劉參將的兵陣，跟肖參將、劉參將所部實現了會師。
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