崇禎五年六月十七日，餘婉琴、哈日珠拉、娜木鐘以薛六、紀天恩的薛家軍爲中軍主力，集結八萬大軍與建虜皇太極部決戰，而皇太極也率領蒙滿聯軍十七萬人馬迎戰，戰場上是旌旗蔽日刀槍如海，戰鬥是從已時開始的。
皇太極首先派出的是喀爾喀三部的三萬騎兵，面對的是薛家軍薛六、紀天恩的主力部隊，只是一場野蠻對文明、愚昧對先進的戰鬥，在短短的半個時辰的連環攻擊中，喀爾喀三部在草原上留下上萬的屍體，而愚蠢狂妄的喀爾喀三部幾乎沒有摸到薛家軍的影子，這時喀爾喀三部才明白自己成了皇太極的替死鬼。
就在喀爾喀三部自怨自艾之時，札魯特、巴林、奈曼、敖漢、喀喇沁、土默特、阿魯科爾沁、翁牛特、阿蘇特等部聯軍被皇太極推向了一線，對薛家軍中軍發起猛攻，與此同時多爾袞、多鐸率領金國八旗進攻薛家軍兩翼，十七萬對八萬煮成一鍋。
薛六、紀天恩的薛家軍的火器非常強悍，札魯特、巴林、奈曼、敖漢、喀喇沁、土默特、阿魯科爾沁、翁牛特、阿蘇特聯軍一上來就被打得抱頭鼠竄，與其說是是打仗，不如說是薛家軍在屠殺無知的野蠻民族，僅僅一輪進攻投靠皇太極的蒙古軍就死傷了七八千人。
多爾袞率領的正黃、正藍、鑲藍旗和蒙古軍四萬人馬殺向薛家軍左翼，薛家軍左翼娜木鐘帳下猛將寶音，米脂高家軍寨高一功、王平所部近兩萬人馬，高一功、王平所部的手雷、火銃給多爾袞部大量殺傷，雙方陷入了僵持狀態。
多鐸率領的正黃、鑲白、鑲紅旗已經蒙古軍四萬人馬，對上了哈日珠拉的手下阿如罕、其滅塞的飛鷹旗，雙方也是一場混戰，阿如罕、其滅塞仗着火器之利，打得多鐸部基本上還不起手。
皇太極對薛家軍非常畏懼，這次在對察哈爾林丹汗部大勝後，皇太極通過喀爾喀三部瞭解到，薛家軍主人薛雲已經統一漠北三汗部，正在向西向北追殲異族殘敵，班師回大明是遲早的事，所以皇太極才覺得時不待我，要在薛雲沒有回到明朝之前，把薛雲的根基薛家軍全部消滅掉。
可是作爲試陣的喀爾喀三部跟薛家軍一交鋒，皇太極就覺得不對勁，怎麼薛家軍的火銃打起來更加犀利了，特別中軍真正的兩千火銃，打起來就沒完沒了，簡直就是在屠殺喀爾喀三部的勇士嘛，面對薛家軍突然增強的實力，皇太極心子把把都緊了，對這場大金國對薛家軍的對決產生了一絲不祥之兆。
皇太極把目光投向了身邊的漢臣範家主，負責對明朝情報和商務的張家口範家家主，金國漢臣四大臣之一的範家主說道：“大汗，這應該是傳說中的西洋火槍，不過比傳說中的西洋火槍更厲害，這種火槍可遇而不可求，不知道薛家軍怎麼會有這麼多好火槍。”
皇太極聽了不僅沒有解惑，而且是更加的鬱悶，這薛家軍果然鬼名堂多得很，好在喀爾喀三部本來就是拿來消耗薛家軍實力，這才使得皇太極勉強能夠接受，當皇太極發動全面進攻之後，札魯特、巴林、奈曼、敖漢、喀喇沁、土默特、阿魯科爾沁、翁牛特、阿蘇特聯軍依然是皇太極拿來消耗薛家軍的替死鬼。
半個時辰過去了，皇太極寄予厚望的多爾袞、多鐸左右兩翼，並沒有取得什麼進展，而札魯特、巴林、奈曼、敖漢、喀喇沁、土默特、阿魯科爾沁、翁牛特、阿蘇特聯軍卻垮了下來，皇太極只好派出了第三批人馬出戰。
第三批人馬是由李永芳、薛斌和朝鮮軍韓潤部等兩萬餘組成，這些由漢奸、朝奸組成的隊伍，血氣不下於建虜的八旗牛錄，在李永芳、薛斌、韓潤率領下，一鼓作氣撲向了薛家軍中軍，在付出了五千人的傷亡後，這些漢奸、朝奸居然成功的實現對薛家軍的短兵相接。
不過由薛九、薛慶益、肖參將、劉參將組成的預備隊立刻參戰，在最短的時間之內擊退了李永芳、薛斌、韓潤聯軍的進攻，薛家軍立刻調整陣型，這時皇太極投入的鑲黃、正白兩旗已經氣勢洶洶的殺到，緊接着薛家軍跟皇太極的王牌隊伍又是一番混戰。
皇太極看到自己的人馬終於跟薛家軍混合在一起了，十七萬對八萬皇太極對獲勝充滿了期待，可是面對薛家軍的戰鬥，已經不是單純依靠人多勢衆的冷兵器時代了，在代表了先進和文明的薛家軍面前，愚昧落後的野蠻部落最終將被歷史拋棄。
在這次薛家軍和皇太極的大軍決戰中，薛家軍使用了代表先進生產力的前膛火槍兩千多支，火銃六千支、手雷十三五顆、炸藥包八千個、*三千個，還有八萬支短柄長矛，戰爭之神站在了薛家軍這一邊。
薛家軍同皇太極的蒙滿大軍混戰一個時辰之後，在手雷、炸藥包的爆炸聲中，皇太極的鑲黃、正白兩旗首先出現潰退，接着蒙古漢軍開始逃跑，從而演變成了皇太極大軍的大潰敗，十幾萬大軍鋪天蓋地的向東北兩個方向逃竄。
薛家軍開始全線追擊敗兵，這時娜木鐘讓烏雲娜的萬人隊投入了最後的進攻，娜木鐘希望烏雲娜能夠爲薛家軍建立殊功，烏雲娜跟娜木鐘有一個約定，就是成爲薛雲的側妃，烏雲娜率領自己的萬人隊直追皇太極的金帳，要借皇太極和建虜的貝勒、貝子的人頭，作爲覲見薛雲的見面禮。
薛家軍的追擊以天黑結束，這一仗薛家軍殲滅皇太極大軍八萬多人，其中俘虜的只有三萬人，繳獲的牛羊駝馬數十萬，其他金銀皮毛糧草帳篷等物資不計其數，不過薛家軍也付出了三萬多人的傷亡，其中犧牲的將士就達到一萬二千多人。
作爲有生力量投入戰鬥的烏雲娜部，烏雲娜追趕皇太極時，裡皇太極最近時不過二十個馬步，最終還是讓皇太極逃掉了，不過烏雲娜還是一箭射死了皇太極身邊的大漢奸範家主，並活捉了朝鮮叛徒韓潤。
皇太極退往遼西跟隨的人馬只有五萬左右，基本上都是女真、漢軍、朝鮮軍，蒙古部落不是被消滅，就是逃回自己的部落了，皇太極帶着十萬人馬征討蒙古，眼看着大獲全勝，哪知道跟薛家軍一戰，倒賠進去了五萬人馬，現在皇太極死的心都有了，自己怎麼老是犯糊塗，去跟薛家軍硬碰硬，最後的結局證明依然是頭破血流。
皇太極悲傷對豪格說道：“兒呀，大明有了薛家軍，就沒有我們女真人欺負漢人的機會，你要記住只要守住祖宗的長白山就是了。”
皇太極說完是不住的咳嗽，不遠處的多爾袞、多鐸鄙視着皇太極，大汗一場敗仗打下來，就喪失女真男兒的血氣，在這次跟薛家軍的對決中，多爾袞、多鐸率領的左右翼損失相對較少，得到了八旗各牛錄的擁護，多爾袞、多鐸二人在想，皇太極這個癆病鬼一死，豪格能不能當上大汗可不是你皇太極的遺言說了就算數的。
薛家軍取得對金國大戰的勝利後，皇太極率領殘兵敗將逃回了盛京，蒙古暫時被建虜放棄了，大批的蒙古部落開始向娜木鐘或者哈日珠拉稱臣納貢，林丹汗失去的領土和人口，漠南蒙古大部分迴歸到娜木鐘、哈日珠拉帳下。
當薛家軍以優惠價格處理一大批皮毛給等候的杭州商人時，這些杭州商人對自己在大同城多呆一月，得到如此優厚的回報，僅有的一點抱怨也變成了欣喜，在紀天恩的護送下，浩浩蕩蕩返回江南杭州。
林丹汗逃到*後，在成吉思汗陵前舉行莊嚴的儀式，宣稱自己爲全蒙古的"林丹巴圖魯汗"，遂帶領察哈爾、鄂爾多斯餘衆，移動成吉思汗之陵，西渡黃河至大草灘。林丹汗在大草灘永固城一帶擁衆落帳，重整旗鼓準備東山再起。
年底林丹汗得知大福晉娜木鐘聯合薛家軍戰敗了皇太極之後，林丹汗是又高興又愧疚，要是早聽薛家軍的話，自己也不至於逃到大草灘永固城，於是林丹汗派人去跟娜木鐘聯繫，準備過了冬天就重回察哈爾部。
哪知道就在這一年冬天，心力交瘁的林丹汗病倒了，於第二年返回察哈爾的計劃拖延下來了，經過一年的病痛折磨，身體虛弱的林丹汗開始“發痘”，一天天的消瘦下去，終於在崇禎七年四月，死在了青海的打草灘阿拉他拉，蘇泰大福晉的兒子察哈爾•額爾克孔果爾額哲被立爲大汗，仍駐紮在河套地區，可是稚嫩額哲難以服衆，原來跟着林丹汗的部落紛紛散去，最後額哲除了擁衆萬人和母后手裡的傳國玉璽之外，已泯然成爲一個不起眼的小部落了。
崇禎五年七月朝廷處死了登萊巡撫孫元化與總兵官張燾，宋光蘭和王徵、餘大成等充軍；繼任登萊巡撫謝璉與知府朱萬成，剛到登州又被詐降軍所挾持，崇禎皇帝勃然大怒，決心集中朝廷大兵進剿，以浙江朱大典接任山東巡撫，太監高起潛監軍，領關寧軍五千人等諸軍共計三萬多人圍剿叛軍。
崇禎五年八月，孔有德開始幾戰告捷，由於過分輕敵，結果在沙河遭到遼東騎兵襲擊，孔有德損失半數部隊，大將陳有時戰死。叛軍不得不退守登州死守，至此萊州之圍已解，接着大明官軍進圍登州，叛軍都元帥李九成戰死，叛軍軍心逐漸混亂，孔有德有心放棄登州去遼東投靠建虜。
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