托马斯在黑暗中醒来,除了自己的名字,记忆尽失。他发现自己来到一片林间空地,四周一座巨石迷宫晨开暮合,不断变幻。一群自称空地人的男孩俨然组成一个小社会,他试图融入,却屡屡受阻,同时,奇怪梦境不断袭来,巨大的迷宫仿佛磁石吸引着他。 一个名叫特蕾莎的女孩突然到来,手中攥着神秘字条,托马斯觉得与她似曾相识。
托马斯他们逃出了迷宫,但灾难并未结束。 一个叫灾难总部的机构设计了迷宫实验,托马斯他们是A组实验对象。一夜醒来,所有人的颈后都出现了神秘文身,特蕾莎不见了,代之以一个来自B组的男孩。众人被告知染上了闪焰症病毒,只有通过第二关考验才有治愈的可能。他们必须在两周内穿越100英里的焦土区,才能到达安全避难所。高温、暴雨、致人死命的水银球,还有横行街头的眩疯病人、B组的劫杀 忠诚与背叛,生存与死亡,自护与劫杀托马斯他们面临前所未有的考验。
灾难总部宣布:恢复所有实验者的全部记忆,摘除大脑中的控制器。然而,实验并未结束。 托马斯不断做梦,记忆的漏洞慢慢填补。他希望找回家人和进入迷宫之前的美好生活,但又怎能相信脑中植入的记忆? 托马斯拒绝恢复记忆,决定联合大家,抵御这场实验,却发现早已有人先他一步,一群反抗灾难总部的正义军已经开始行动。这时,其他实验者却全都消失了。
远在灾难总部建立、林间空地建成、托马斯进入迷宫之前,地球就遭到了太阳耀斑的袭击,疾病肆虐,吞噬着人类。 生活在纽约的少年马克目睹成千上万的生命被太阳耀斑夺去,紧接着又遭遇了洪水、食物短缺和令人窒息的滚滚热浪。马克和女友翠娜在退役军人亚历克的帮助下,带领一群幸存者辗转迁徙到远离海洋的阿巴拉契亚山脉地带。但是好景不长,一艘神秘飞船带来致命病毒在人群中急剧扩散、肆意传播。
世界末日降临,地球被烤焦了,闪焰病毒肆虐人间。在一片混乱之中,包括托马斯和特蕾莎在内的一一些对病毒具有免疫力的孩子,在一无所知的情况下,被带到阿拉斯加一个名为灾难总部的秘密机构。 托马斯和特蕾莎在与世隔绝的环境中独自长大,并接受了名日繁多的训练。直到几年之后,才见剑了其他同伴,并和艾尔比、民浩、纽特和查克成了朋友。