『梅尔莎白·格萝瑟利犯人假说』
提出者：史提尔·马格努斯。
该假说基于利用符文魔法从学园都市基地内残留的纸质资料当中提取出的残留思念。梅尔莎白是宇宙风险企业的社长，但她却将自己的研究成果带到了R&C超自然公司，利用基于质量投射器的空中式宇宙飞船发射平台·物流黄蜂人为操作气候条件，帮助沙之魔法师提升自己的力量。可以认为梅尔莎白安坐R&C超自然公司旗下的独立部门——深空之约公司社长的位置，并作为双重间谍潜入到了学园都市的基地中。
在这种假说下，由于内部人士的错误引导，使得科学与魔法的联合部队对R&C超自然公司本部大楼展开的攻略作战「霸王复仇」行动以失败告终，梅尔莎白也积极参与了击破神裂的活动。
△该假说的大部分内容受到了上条当麻以及欧提努斯二人的否定，但他们仍未找到用于否定这一假说的决定性证据，所以调查仍在进行中。
『梅尔莎白·格萝瑟利坏人假说』
提出者：赫尔卡莉娅·格萝瑟利。
该假说认为，梅尔莎白被大笔的金钱冲昏了头脑，明知会给他人带来麻烦，仍将物流网络交给了R&C超自然公司。技术人员接连流失，风险企业逐渐空洞化，只有利令智昏的梅尔莎白等人拿着赃款，过着悠然自得的生活。洛杉矶市民消失事件的实行犯是梅尔莎白，她为了自己的利益，欣然为了保护R&C超自然公司而行凶。
赫尔卡莉娅认为，身为母亲的梅尔莎白明显对同住一家的亲人隐瞒了某种被称为「Secret」的技术，这毫无疑问地证明了梅尔莎白是坏人。
×该假说被上条当麻和欧提努斯二人完全否定掉。梅尔莎白·格萝瑟利并没有享受从R&C超自然公司得到的报酬，她所隐瞒的「Secret」则别有用意。
『梅尔莎白·格萝瑟利好人假说』
提出者：上条当麻和欧提努斯。
该假说认为，由于女儿被当作人质，梅尔莎白忍痛让风险企业投入了大型IT的旗下，但由于负罪感所带来的折磨，她将巨额金钱当成是肮脏的东西并远离它。根据酒店的住宿情况和手机制造商可以证明，她并不信任这个无德企业，也不认可收到的报酬，而是保留了朴素的金钱观念。
在这种假说下，梅尔莎白有可能最终违抗了R&C超自然公司的威胁命令，转而帮助学园都市·英国清教的联合部队，但也有可能是被大型IT用其他方法远程控制住，从而在违背自己意志的情况下实行了一连串的暴行。
真正的敌人是R&C超自然公司及其CEO安娜·施普伦格尔，为了对背叛了自己的下属独立公司进行报复，她有可能实行了「让背叛者亲手将自己最重要的东西粉碎掉」的作战，煽动母女之间对立。作为恶趣味的终点，她甚至想让这位母亲亲手杀掉从「三千万人消失事件」当中被特意排除在外的女儿——赫尔卡莉娅。
上条当麻断言，不只是身为女儿的赫尔卡莉娅，就连身为母亲的梅尔莎白也毫无疑问是他要去拯救的对象。
另外，梅尔莎白之前对身为女儿的赫尔卡莉娅隐瞒的事情，其实是准备生日礼物。已有确凿的物证能够证明，该可疑行动与本案没有任何关系。
上条当麻向10岁的少女证明。
任何人都会说谎或是有所隐瞒，但梅尔莎白·格萝瑟利并不是那种为了中伤、陷害他人而保守秘密的人。
这一点，无论如何都不会改变。