清軍至八月底，共攻克十二座城池，大小五十餘戰戰戰皆勝，劫獲人畜近二十萬，就有財物無數，這時大明的勤王軍連續到來，阿齊格顧慮大同的薛家軍橫插一槓子，於九月一日，攜帶掠獲的二十萬人畜及其大批物資從容出冷口，他們還砍下木頭，寫上“各官免送”字樣扔於路旁，戲虐明朝文武官員。
大批的人畜物資用了四天才全部走出關外，明軍怯戰怕中清軍誘敵圈套，眼睜睜看着清軍滿載而歸，清軍出關後，兵部尚書張鳳翼裝模做樣的向崇禎報告：“斬敵三級”，朝廷言官紛紛上書彈劾張鳳翼，張鳳翼自知必遭重罪，深恨官軍不肯用命，不願入詔獄服大黃麻死於軍營裡。
勤王軍中皆沒有功力，唯有遠道而來的四川石柱宣撫使秦良玉，崇禎皇帝喜她剿賊累立戰功，又肯數千遠道勤王忠心可嘉，當下晉封秦良玉一品夫人酬功，並親制詩章作爲特別的寵賜
不過阿濟格也沒有佔到太大的便宜，有道是螳螂捕蟬黃雀在後，早就等在關外的薛家軍和蒙古軍一擁而上，硬生生從阿濟格手裡搶人畜物資，一般常識撤退時應該精兵殿後，阿齊格竟將輜重放在後面，自己率領精銳前行，薛家軍和蒙古軍殺到，阿濟格眼睜睜看着自己搶來的人畜物資被搶劫一空。
阿濟格懼怕薛家軍竟不敢回軍作戰，任由薛家軍和蒙古軍滿載人畜物資而歸，阿濟格只帶得兩成的人畜物資返回盛京，皇太極得知阿濟格犯了兵家大忌後，將驕傲輕敵的阿齊格狠狠訓斥了一通，考慮到是遇上薛家軍，皇太極並沒有處懲阿濟格，既然搶大明便宜不大，皇太極把貪婪的目光盯在了相鄰的朝鮮國身上。
崇禎皇帝重賞女英雄秦良玉之後，又把目光放在了另一個勤王將領右副都御史兼湖廣總督兵部侍郎盧象升，於九月二十二日任命盧象升爲總督宣大、山西軍務，盧象升知道總督宣大、山西軍務除去大同、絳州兩地，根本就是一個半殘的總督，盧象升要求辭去總督宣大、山西軍務一職，盧象升要求跟崇禎面談面談，也沒有獲得崇禎皇帝的同意，只是口諭盧象升相機處置大同、絳州兩地的薛家軍。
盧象升只好垂頭喪氣的去宣府上任，不過薛家軍很給盧象升面子，把搶劫回來的人畜物資送給盧象升處理，這讓盧象升非常意外，懷疑以前朝廷對薛家軍的政策有誤，盧象升秉公遣送發還人畜物資，沒有讓京畿的百姓再受一次傷，而宣大、山西地區的氣氛也和緩許多，薛家軍和盧象升都在打着各自的主意。
這時大明朝也有一件喜事，就是陝西巡撫孫傳庭在崇禎九年七月，陝西子午谷的黑水峪之戰中打了起義軍中勢力最強的高迎祥部，並俘虜了闖王高迎祥，崇禎得知高迎祥被俘的消息非常高興，命令陝西巡撫孫傳庭將高迎祥押往北京，並舉行了的獻俘儀式，儀式之後闖王高迎祥被凌遲處死。
原來崇禎九年正月，農民軍闖王高迎祥、闖將李自成率部東圍廬州，取含山、和州；農民軍連營數十里攻滁州，被右副都御史兼湖廣總督兵部侍郎盧象升率領邊兵總兵祖寬、遊擊羅岱等敗於城東五里橋，農民軍戰不利，連營俱潰，北退五十里，被斬一千二百餘級。
之後農民軍屢戰屢敗，從朱龍關至關山，積屍埴溝委塹，滁水爲不流，農民軍失利後，北渡*泗州、徐州，農民軍損失慘重，開始分路向河南境內潰退，盧象升急速追入河南境內圍剿農民軍，農民軍最後逃入南陽府的內鄉、淅川山中，三月中旬，闖王等又紛紛殺回陝西。
盧象升急速追入河南，佈置各軍圍剿，一時河南境內，殺聲震天，血肉橫飛。農民軍最後逃入南陽府的內鄉、淅川山中，盧象升奈何不得。至此年三月，闖王高迎祥、闖將李自成等又紛紛殺回陝西。
不久建虜皇太極派多羅武英郡王阿濟格爲首領等統八旗兵十萬伐明，明朝大軍的重心轉向京畿，右副都御史兼湖廣總督兵部侍郎盧象升也揮師北上勤王，三月由右僉都御史順天府府丞孫傳庭替代剿賊無功的甘學闊出任了陝西巡撫，崇禎皇帝這回總算啓用了一個文武全才的秦督。
孫傳庭軍事、經濟都是行家裡手，孫傳庭主持陝西軍務後，不斷擴充自己的軍力和糧餉，在西安周圍屯田二萬餘項，從兩萬多官軍中，選得精銳士卒一萬一千人，稅銀、糧食都有所增加。
闖王高迎祥、闖將李自成逃回陝西后，孫傳庭與洪承疇進行了工作分工，洪承疇重點對付陝北一帶的闖將李自成等部，孫傳庭則重點對付闖王高迎祥，高迎祥部退入陝南山區之後，由於這幾年陝西、山西連年遭受旱災、蟲災，發生大饑荒。饑民無糧，只得食樹皮、草葉，樹皮、草葉盡，乃人相食，甚有母烹其女以食者，闖王高迎祥在陝南山區無處覓食，人飢馬乏，爲擺脫困境，他決定走小路進攻西安，給官軍來一個突然襲擊。
諳熟兵法的孫傳庭得知闖王高迎祥部突然消失，就猜到高迎祥欲效三國時蜀國大將魏延之計從子午谷出奇兵，子午谷是秦嶺六條連接西南的大道中最險峻的一條，歷史上多次有兵家企圖偷渡，但卻從來沒有人成功過，孫傳庭立刻做出軍事部署，在闖王高迎祥部必經之路周至縣黑水峪設置伏兵，準備以逸擊勞殲滅闖王高迎祥部。
崇禎九年七月中旬，闖王高迎祥部果然出現在周至黑水峪，進入了孫傳庭的包圍圈，雙方展開了四天的激戰，此時天降大雨，高迎祥部已經連續多日斷糧，人馬處於半飢餓狀態，在大戰中漸漸招架不住，官軍的包圍圈越來越小。
關鍵時刻闖王高迎祥部下乾公雞張二、一斗谷黃龍叛變。混亂中叛徒將高迎祥的部卒和坐騎拉走，高迎祥被官軍包圍無法脫身，只好脫下盔甲藏到草叢裡，官軍搜山將高迎祥生擒活捉。
孫傳庭又乘勝在渭南和咸陽北原打了兩個大勝仗，一時間是聲譽鵲起，威名甚至蓋過了總督洪承疇，高迎祥的敗亡對民軍起到了震攝的作用，農民軍大首領張妙手、蠍子塊向孫傳庭投降，不久蠍子塊復叛，被孫傳庭安插的武大定殺死，農民軍以高迎祥部實力最強的，蠍子塊人數最多的，這兩人都死於孫傳庭之手，對農民軍是一個沉重的打擊。
五省總督洪承疇的運氣就比較差，剛剛接手對付陝北一帶的闖將李自成等部，寧夏鎮士兵，因兵餉無措發生兵變，飢兵羣起圍攻官署。巡撫右僉都御史王楫因不能措餉，飢兵索餉無着鼓譟而殺之。
兵備副使丁啓睿得都司熊大海之助率軍鎮壓，捕獲爲首者七人，立即處斬，兵變才被撫定，丁啓睿敘功保舉熊大海爲參將，熊大海與副將羅尚文擊殺農民軍整齊王於商洛山中，五月，副將羅尚文擊殺整齊王於商洛山中。五月，熊大海配合賀人龍又於安定大敗李自成部，丁啓睿在熊大海身上得利不少，崇禎十一年冬，陝西巡撫孫傳庭北上勤王，丁啓睿升任右僉都御史，代孫傳庭巡撫陝西。
李自成部在崇禎九年九月在漢中再次失利後，逃入四川、陝西、湖北的崇山峻嶺，李自成收羅高迎祥舊部自稱闖王，至崇禎十一年初才重回陝西。但不久李自成部在潼關一帶連遭敗績，於此年八月率殘部躲入川、陝、湖廣省交界的山區，如果不是陝西巡撫孫傳庭北上勤王，估計李自成難逃孫傳庭的毒手。
闖王高迎祥、闖將李自成一死一敗之後，崇禎皇帝加大了對張獻忠、聞香教、建文後裔“奉天正義大元帥”部，張獻忠所部遂成爲潼關以東地區官軍攻擊的主要目標，張獻忠所部轉戰於湖北、河南、安徽，多次打破官軍圍追堵截，入河南襲破許州，殺掉了左良玉的哥哥遊擊潘可大等人，繳獲物資鉅萬，可是張獻忠獨木難支，開始跟官軍媾和，準備用假招安欺騙朝廷。
聞香教雖然有杭州薛家軍的武器支持，可自己控制的汝寧府資源有限，幾年大戰下來，聞香教幾乎無兵可招，這時徐鴻儒發現自己被薛家軍當了槍使，高迎祥、張獻忠、李自成失利後，河南官軍副將陳永福、參將薛十三、客軍參將薛綜偷襲了聞香教都城商城。
聞香教都城商城被破後，官軍四處殺人放火，中興福烈帝徐鴻儒從皇宮中逃出，被參將薛十三追上一陣混戰，徐鴻儒雖然武功高強，奈何也不是銅筋鐵骨，身中多出刀傷箭傷，被大元帥徐三姐搶走，大將軍徐老七殿後被薛綜部斬爲肉泥。
崇禎九年十月十七日，中興福烈帝徐鴻儒傷重斃命，大元帥徐三姐收拾到殘部不足一萬人，後勤輜重家屬教民幾乎損失怡盡，在潁上被追來的河南副將陳永福一陣廝殺，徐三姐只帶着三千多輕騎逃往中都鳳陽府。
崇禎九年十月，福建參將鄭芝豹得到援軍後，配合浙江、河南官軍圍剿“奉天正義大元帥”所部，三路大軍屬河南方面的薛家軍最爲彪悍，薛十三、薛綜和新加入的薛博部，追着“奉天正義大將軍”黃希達打。
黃希達雖然擁有四萬軍隊，可面對薛十三、薛綜、薛博的八千人馬竟然七戰七敗，四萬人馬剩下不足一萬人，而大本營金華府也被福建官軍攻破，“奉天正義大元帥”白衣書生下落不明，至此黃希達開始在浙江打游擊，有的黃家子弟也暗中聯絡家主黃希聖。
大漢雄魂新書《大明國賊》近期登陸遂浪，敬請關注