崇禎九年十二月二日，皇太極以朝鮮大王李倧拒不接見大清使團，不接受其國書，朝鮮使臣羅德憲、李廓參加皇太極在瀋陽正式舉行的稱帝大典拒不下拜爲由，皇太極派濟爾哈朗守盛京，阿濟格、阿巴泰守遼河入海口以遏薛家軍、明軍，令多爾袞、豪格分統左翼滿洲、蒙古兵，從寬甸入長山口；戶部承政馬福塔等率兵三百人突襲朝鮮王都，多鐸、嶽託等人率數千兵馬接應，皇太極親自與大貝勒代善率其他各路人馬共十二萬大軍征伐朝鮮。
清軍渡江後，揚野戰之長，舍堅城而不攻，長驅而南下，僅僅十二天便抵達朝鮮京城下，京畿之內“上下惶惶，罔知所爲，都城士大夫，扶老攜幼，哭聲載路”；朝鮮大王李倧再次將王妃、王子和大臣妻子送往江華島避難，自己則率領文武百官退守南漢山城，同時派出崔鳴吉等人赴清營談判拖延時間，等待各路勤王軍的到來，。[
這時朝鮮大帥張晚已經病逝，出任主將的李貴一面率領四萬大軍勤王，一面向在旅順的薛家軍求救，因爲是兵馬萬戶伊朝芳的防區被建虜突破，急於將功贖罪的伊朝芳未到朝鮮京城，就被嶽託、豪格消滅了，嚇得李貴率部躲回平壤再也不敢出城。
李貴、伊朝芳的人馬是朝鮮最精銳的，現在李貴、伊朝芳的人馬一敗，整個朝鮮根本沒有能跟建虜一戰的軍隊，各路勤王軍都畏懼不前，崇禎十年正月，清兵先後擊敗全羅道、忠清道等地的援軍後，朝鮮大王李倧真心向清軍求和。
皇太極恐朝鮮再次反清，遣多爾袞襲破江華島，俘虜朝鮮王妃、王子、宗室、羣臣家屬，皇太極要求朝鮮大王李倧出城投降，朝鮮大王李倧得知江華島失陷，知道大勢已去只好求和。崇禎十年年正月三十日，朝鮮大王李倧脫去王服改穿青衣率領羣臣出南漢山城，徒步前往漢江東岸的三田浦清營向皇太極行三跪九叩之禮請罪。皇太極降旨赦之。
雙方築壇盟誓，朝鮮去明年號，繳納明朝所賜誥命敕印，奉清朝爲正朔，定時貢獻，並送質子二人。此外朝鮮大王李倧親明反清的主要人物弘文館校理尹集、修撰吳達濟及臺諫官洪翼漢縛獻清軍，三人後來在盛京被建虜殺害。
滿清和朝鮮雙方簽訂和議：朝鮮大王李倧以長子李溰、次子李淏赴清朝作人質，每年黃金百兩、白銀千兩、水牛角二百對、貂皮百張、鹿皮百張、茶千包、水獺皮四百張、青黍皮三百張、胡椒十鬥、腰刀二十六口、順刀二十口、蘇木二百斤、大紙千卷、小紙千五百卷、五爪龍席四領、花席四十領、白苧布二百疋、綿綢二千疋、細麻布四百疋、細布萬疋、布四千疋、米萬包。
滿清還不滿意，將五十萬朝鮮人作爲俘虜押回國充作奴隸，並掠走朝鮮大量物資，後來朝鮮大王李倧向滿清支付贖金贖回了一些人；朝鮮被迫與明朝和薛家軍斷交，接受滿清的冊封，成爲清朝的藩屬國，皇太極命令朝鮮出兵旅順，朝鮮大王李倧出戰船五十艘協助滿清攻打旅順的薛家軍。
旅順的薛家軍得知建虜進攻朝鮮，還是捐棄前嫌出兵助戰，陸要金、左明、遊參將出兵遼東，阿濟格、阿巴泰率領正黃旗、正藍旗固守，薛家軍雖然小有斬獲，卻不想朝鮮已經向滿清投降了。
現在杭州、臺灣的援軍沒有到，陸要金、左明、遊參將只好退回旅順，與海軍北海艦隊互爲犄角，崇禎十年二月十六日，阿敏派哈爾根通知陸要金，皇太極回師很可能攻打旅順，陸要金問起哈爾根阿敏爲什麼還不舉事，哈爾根以阿敏準備不充分推脫。
聞香教大元帥徐三姐逃至蒙城，遇到了侄女玉女聖劍率領的隊伍，徐三姐對聞香教的事業已經心灰意冷，表示願意歸順侄女的明教，玉女聖劍明確表示自己已經依附於薛家軍了，徐三姐頓時明白侄女已經接納了薛雲，不由得暗笑迂腐，早幾年幹什麼去了，如今的薛雲是妻妾成羣，連自己都偷吃了，想到侄女將來從了薛雲，自己是跟薛雲還是不跟薛雲，要是跟薛雲的話，那可是姑侄同侍一夫，還是讓人覺得很難爲情的。
玉女聖劍帶着徐三姐徐徐退去，河南副將陳永福追至宿州宿水，被薛家軍喬國樑，宋奎、劉滿囤、牛三、馬濤部四面殺出，玉女聖劍、徐三姐也回師反攻，薛家軍、聞香教一萬四千人對明軍陳永福五千，整個戰鬥沒有絲毫懸念，陳永福損失了過半人馬，逃到了中都鳳陽城，崇禎十年正月向剛剛到任的鳳陽總督史可法求救。
鳳陽總督史可法一上任就盯住了蒙城、宿州一帶的明教，可還沒有來得及動手，河南副將陳永福就做了試刀石，整整損失了兩千多人，這還是薛家軍怕震動太大，並沒有宜將剩勇追窮寇，不然陳永福就算不被俘虜，多半也是個光桿司令了。
不過陳永福的兵敗，讓鳳陽總督史可法徹底認清了，自己境內這支明教教軍的真實身份，這分明就是暗藏在鳳陽府的薛家軍，史可法意識到問題的嚴重，一邊懸兵勒馬備戰，一面上奏崇禎皇帝要求清剿薛雲的在大明的軍事勢力。
在浙西“奉天正義大將軍”黃希達被薛十三、薛綜、薛博、鄭芝豹等連敗，崇禎十年二月，黃希達只好率領殘部四千人逃至諸暨會稽山，黃希達親自寫信給大哥兼族長的黃希聖，表示自己所部願意效忠薛雲。
黃希達再次求見了燕三娘，遞上了弟弟黃希達的歸順信，燕三娘看到黃希達肯承認夫君薛云爲主人，對手錶黃希達雖然有些心動，可是想到要直接跟薛十三、薛綜、薛博過招，燕三娘不禁有些猶豫。
黃希達離開之後的幾天，黃天嬌先後找了燕三娘和陳小姐、吳慧、梅香、迎春、倪虹霜、任如萍，求姐妹們在燕三娘那裡進言，希望薛家軍出兵，保住叔叔黃希達這支人馬，也算替自己留下一點本錢。
雖然黃天嬌懷了私心，陳小姐、吳慧、梅香、迎春、倪虹霜、任如萍認爲應該給黃希達一個機會，陳小姐、倪虹霜、任如萍從薛家軍的利益考慮，還親自去見了燕三娘，陳小姐對燕三娘顧慮跟薛十三、薛綜、薛博交手不敢苟同，河南已經沒有了聞香教，如果浙江再沒有了黃希達，薛家軍就會直接跟提出發生衝突了。
陳小姐、倪虹霜、任如萍對現在京城薛家人沒有好感，提出不主動進攻薛十三、薛綜、薛博就是，如果薛十三、薛綜、薛博不識好歹的話，薛家軍也不用對他們客氣，朝鮮軍認爲以薛十三、薛綜、薛博對薛家軍的態度，薛家軍早晚會跟薛十三、薛綜、薛博有一場血戰。
燕三娘見衆姐妹都不待見薛十三、薛綜、薛博這些薛家人，於是也從善如流，答應正式接收黃希達，由任如萍率領薛思遠、薛大漢等五千人馬，以白衣書生的“奉天正義大元帥”旗幟支援會稽山的黃希達部。
明軍會攻會稽山的黃希達部的主力是：薛十三、薛綜、薛博的聯軍和福建鄭芝豹部，崇禎十年二月二十日，鄭芝豹部兵進至東南四十里處，遭到一支不明武裝的襲擊，短短半個時辰八千人馬就損失大半，鄭芝豹一路南逃回福建了，後來鄭芝龍僅收編了兩千多逃回福建的鄭家軍，直到一年後薛家軍亮出番號，鄭芝龍才知道弟弟鄭芝豹遭遇的是薛家軍的特種部隊，這可是薛家軍中精銳中的精銳。
任如萍在會稽山會合黃希達部之後，薛十三、薛綜、薛博的聯軍沒了福建鄭芝豹部配合，連續攻了三天會稽山，死傷了一千多人馬，薛十三、薛綜、薛博這才發現敵軍的實力已經大大加強，二月二十六日，薛十三、薛綜、薛博額輜重營被劫，缺少糧草物資的薛十三、薛綜、薛博聯軍，只好向河南汝寧府退去，這時薛十三、薛綜、薛博已經知道，杭州薛家軍對自己幾人不宣而戰了。
崇禎皇帝得到鳳陽總督史可法的奏摺後，也覺得薛雲的問題到了非解決不可的時候了，經過多年的努力，巨寇高迎祥已經被凌遲處死，闖將李自成潰不成軍，八大王正在請求就撫，悍寇翻山鷂子高傑、撞塌天劉國能等紛紛歸順，朝廷終於能夠騰出手腳對付薛家軍了。
崇禎皇帝發上諭向熊文燦、盧象升、洪承疇詢問杭州、大同、米脂的薛家軍情況，並責令三人上奏應對方略，直到四月下旬熊文燦、盧象升、洪承疇三人的奏摺才全部送到崇禎皇帝手裡。
熊文燦、盧象升、洪承疇三人都認爲薛家軍已經尾大難掉，熊文燦以爲杭州薛家軍擁有了臺灣島，可以說成就了王霸之業，只可以緩取不可以力敵；盧象升認爲大同薛家軍實力超強鐵板一塊，如果明軍貿然開戰，幾乎沒有勝算，朝廷最好的辦法就是曉以大義，化解大同薛家軍的藩鎮之勢，洪承疇認爲可以消滅米脂的薛家軍，不過陝西方面一開戰，就會牽一髮而動全身，希望朝廷有統一對付薛家軍的全盤計劃，如果計劃不周的話，薛家軍的破壞力遠超山陝的農民軍暴動。
清剿薛家軍可能產生的後果，崇禎皇帝清楚得很，不然也不會等到今天還沒有出手，崇禎皇帝疑惑這薛雲的情況，快十年了，會不會已經死在萬里黃沙之中了，可是薛雲的手下卻沒有人肯倒向朝廷，崇禎皇帝每每想到這些就非常的泄氣。
崇禎皇帝只好命令熊文燦、盧象升、洪承疇三人加強戰備，等突出對薛家軍的方略出來後，大明官軍能夠儘可能的統一行動，崇禎皇帝之所以做出這樣的決定，還是因爲滿清跟薛家軍在旅順的仗越打越大，崇禎皇帝起了坐收漁人之利的想法。
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